| 查看: 1432 | 回复: 1 | ||
[求助]
关于如何用bioconductor进行差异基因注释的问题 已有1人参与
|
|
现在基因差异分析已经完成，得到的是探针组ID的结果，但是需要对这些基因进行注释，也就是将探针组的名称映射到基因标准名称（gene symbol） 和GI号两种ID上。请问应该如何操作。我是用的是annotate 注释包进行的，但是不知道怎么使用，感谢。 另，我使用的是GEO里面的芯片数据。小鼠哮喘病模型，GSE6858 |
回复此楼» 猜你喜欢
科研人必读：新一代 KRAS G12C 抑制剂 Olomorasib 的研究进展
已经有0人回复
-
BT-11（Omilancor）研究化合物全解析：从分子结构到实验应用要点
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有204人回复
-
富马酸贝达喹啉：二芳基喹啉类工具化合物的化学特征
已经有0人回复
-
BT投稿with editor状态快两周了，正常吗
已经有25人回复
-
Silevertinib（BDTX-1535）结构拆解：炔基双环片段为何成为合成瓶颈
已经有0人回复
-
RO4929097 解析：双苯并氮杂䓬骨架与 Notch 通路实验设计要点
已经有0人回复
-
分子量 1157 的 PROTAC 怎么配不析出：SGK3-PROTAC1 的溶解、分装与图谱复核
已经有0人回复
-
logP 6.1 的羧酸怎么配母液：GSK 650394 的溶解窗口与稀释顺序
已经有0人回复
-
从"水不溶"到 71 mg/mL：雷特格韦的 pH 依赖溶解与螯合色谱边界
已经有0人回复
-
133 Ų 的极性表面积，如何决定 TNG462 的母液配制与色谱条件
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 关于数据的格式
已经有5人回复
xingzhou823
木虫 (正式写手)
五道杠
- 应助: 24 (小学生)
- 金币: 2391.6
- 散金: 200
- 红花: 7
- 帖子: 789
- 在线: 170.7小时
- 虫号: 2070126
- 注册: 2012-10-18
- 性别: GG
- 专业: 生物信息学
【答案】应助回帖
|
GSE6858的注释平台是：GPL1261 [Mouse430_2] Affymetrix Mouse Genome 430 2.0 Array 。 方法一：NCBI GEO数据库下载这个GPL1261的注释文件，然后用perl or python去处理。 方法二：用R软件在bioconductor里下载mouse4302.db这个注释文件，然后进行探针与基因转换。下载地址：http://www.bioconductor.org/pack ... l/mouse4302.db.html |
2楼2015-04-09 13:26:33
