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kingze

新虫 (初入文坛)

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[求助] 关于如何用bioconductor进行差异基因注释的问题已有1人参与

现在基因差异分析已经完成，得到的是探针组ID的结果，但是需要对这些基因进行注释，也就是将探针组的名称映射到基因标准名称（gene symbol）和GI号两种ID上。请问应该如何操作。我是用的是annotate 注释包进行的，但是不知道怎么使用，感谢。
另，我使用的是GEO里面的芯片数据。小鼠哮喘病模型，GSE6858

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关于数据的格式已经有5人回复

1楼 2015-04-05 12:30:56

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xingzhou823

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【答案】应助回帖

GSE6858的注释平台是：GPL1261 [Mouse430_2] Affymetrix Mouse Genome 430 2.0 Array 。
方法一：NCBI GEO数据库下载这个GPL1261的注释文件，然后用perl or python去处理。
方法二：用R软件在bioconductor里下载mouse4302.db这个注释文件，然后进行探针与基因转换。下载地址：http://www.bioconductor.org/pack ... l/mouse4302.db.html

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