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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 运行autogrid时无法读取受体分子pdbqt文件
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yaanamm

新虫 (初入文坛)

[求助] 运行autogrid时无法读取受体分子pdbqt文件 已有1人参与

想用Autodocktool模拟环糊精与小分子包合作用，运行autogrid时无法读取环糊精分子pdbqt文件。

  环糊精分子pdbqt是由chembio3D自带模板画的，最小能量优化后保存为pdb文件，用Autodocktool打开后保存为pdbqt文件。
然后再进行autogrid是却老是报错，显示无法读取环糊精分子pdbqt文件。
求解决方法，或者有哪位大侠能直接提供优化好的环糊精pdbqt文件，不胜感谢！
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1楼 2015-03-30 12:56:37
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fan728516414

银虫 (小有名气)
用vina吧。很容易的
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tooyoungtoosimple
2楼2015-03-31 15:00:49
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岸芷汀蓝冰

金虫 (小有名气)
受体不用pdbqt吧。。。

[ 发自小木虫客户端 ]
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用心做一切
3楼2015-03-31 17:26:04
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yaanamm: 金币+5, ★★★很有帮助 2015-03-31 19:34:14
环糊精分子可以从pdb数据库下载，不用优化可以保存成pdbqt文件
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4楼2015-03-31 18:05:58
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yaanamm

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by pymol at 2015-03-31 18:05:58
环糊精分子可以从pdb数据库下载，不用优化可以保存成pdbqt文件

请问pdb号是多少， 搜到的是复合物晶体，如何把其中的蛋白质除去？
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5楼2015-03-31 19:20:19
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yaanamm

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fan728516414 at 2015-03-31 15:00:49
用vina吧。很容易的

vina是不是不用算grid？
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6楼2015-03-31 19:29:26
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by yaanamm at 2015-03-31 19:20:19
请问pdb号是多少， 搜到的是复合物晶体，如何把其中的蛋白质除去？...

搜索一下，很多αβγ型的环糊精，按照你的需要下载即可
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7楼2015-03-31 19:46:28
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yaanamm

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by pymol at 2015-03-31 19:46:28
搜索一下，很多αβγ型的环糊精，按照你的需要下载即可...

这个搜到的是个环糊精和蛋白质的复合物，怎么把蛋白质去掉，直接得到环糊精的pdb.好像就这个是单个糊精配体，其他都是好几个糊精配体
运行autogrid时无法读取受体分子pdbqt文件
啊.png
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8楼2015-03-31 21:13:18
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