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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 求SNP/indel Calling的软件
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baichangming

银虫 (小有名气)

[求助] 求SNP/indel Calling的软件 已有1人参与

发现网上很多SNP/indel Calling的软件都是针对第二代测序技术数据设计的，但是我现在有3个公开发表的基因组，均已装配好，相分析他们的snp和indel，有什么软件推荐呢？
最好还能取分编码和非编码区的功能。
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1楼 2015-03-27 17:10:24
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nanhu1984

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
Mauve就可以分析SNP
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https://www.microbialgenomic.cn/
2楼2015-03-28 16:37:37
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baichangming

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by nanhu1984 at 2015-03-28 16:37:37
Mauve就可以分析SNP

是的，不过只能给出一个简单地数量，没有indel的结果
赞一下 回复此楼
3楼2015-03-29 19:01:02
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