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xixi1007

木虫 (小有名气)

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[交流] 关于cube文件格式及电荷密度或查分电荷密度

我用cubegen产生NMA分子的cube文件，如下所示。请问1-4行代表什么啊。后面的12行应该是原子坐标吧。再后面的6列数据（后面还有数据）就是电荷密度吗？
opt+freq density
Electron density from Total SCF Density
12 -9.978578 -7.531114 -6.512787
  102 0.200587 0.000000 0.000000
76 0.000000 0.200587 0.000000
66 0.000000 0.000000 0.200587
6 6.000000 -3.465826 -1.018362 0.000068
1 1.000000 -3.337918 -3.084344 -0.000119
1 1.000000 -4.529803 -0.412610 -1.667526
1 1.000000 -4.529544 -0.412881 1.667928
6 6.000000 -0.913373 0.302129 -0.000035
8 8.000000 -0.724982 2.617096 -0.000009
7 7.000000 1.162647 -1.229627 -0.000270
1 1.000000 0.928214 -3.122590 0.000476
6 6.000000 3.714089 -0.198064 0.000103
1 1.000000 5.061188 -1.763049 -0.002254
1 1.000000 4.029210 0.977837 -1.673448
1 1.000000 4.030640 0.974042 1.676089
  5.17508E-09  6.28142E-09  7.57083E-09  9.06127E-09  1.07699E-08  1.27125E-08
  1.49026E-08  1.73514E-08  2.00662E-08  2.30506E-08  2.63034E-08  2.98184E-08
  3.35839E-08  3.75823E-08  4.17903E-08  4.61788E-08  5.07134E-08  5.53544E-08
  6.00579E-08  6.47758E-08  6.94576E-08  7.40504E-08  7.85003E-08  8.27535E-08
  8.67570E-08  9.04598E-08  9.38140E-08  9.67754E-08  9.93043E-08  1.01367E-07
  1.02934E-07  1.03986E-07  1.04507E-07  1.04490E-07  1.03936E-07  1.02852E-07
  1.01252E-07  9.91600E-08  9.66032E-08  9.36162E-08  9.02390E-08  8.65160E-08
  8.24954E-08  7.82285E-08  7.37682E-08  6.91683E-08  6.44829E-08  5.97644E-08
  5.50635E-08  5.04279E-08  4.59014E-08  4.15231E-08  3.73274E-08  3.33429E-08
  2.95926E-08  2.60936E-08  2.28573E-08  1.98897E-08  1.71916E-08  1.47592E-08

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1楼2015-03-26 10:49:06

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zhou2009

版主 (著名写手)

★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gmy1990: 金币+3, 感谢应助 2015-03-26 19:59:28

1-4行代表cube的规格。第一行的后三位是cube的xyz坐标的起始点，2-4行是xyz的格点数目、步长。
后面的12行是原子坐标。
再后面的6列数据就是电荷密度的值，按上面cube的规格逐一格点给出的值，仅值，不必给出坐标值。
详见高斯手册。

13楼2015-03-26 15:10:44

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

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shcj2楼

2015-03-26 10:57 回复

xixi1007(金币+1): 谢谢参与

dmbb3楼

2015-03-26 10:57 回复

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kiss200855374楼

2015-03-26 10:59 回复

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qqaoqq7楼

2015-03-26 11:12 回复

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messengermu8楼

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sz_kebaoyuan9楼

2015-03-26 13:41 回复

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xiaomaya204610楼

2015-03-26 13:48 回复

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tingting198211楼

2015-03-26 13:49 回复

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