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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 低水平计算优化出来的结构能用于高水平算法上进行NBO分析吗？
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黑木秋草

银虫 (小有名气)

[求助] 低水平计算优化出来的结构能用于高水平算法上进行NBO分析吗？ 已有2人参与

用半经验PM3算法优化了一些复合物和单体，想直接在PM3优化输出的log文件里采用DFT // B31YP//6-311++G(d, p)
进行能量计算和NBO分析，结果主要是用来作对比和看复合前后的电荷变化。请问这样的对比结果可靠吗？看了很多讨论，还是不太清楚，跪求各位前辈大神们出手相助！！！！！
这是优化时的输入文件
%nprocshared=3
Will use up to    3 processors via shared memory.
%mem=600MB
%chk=D:\g09w\save\RACPM3.chk
---------------------------
# opt pm3 geom=connectivity
---------------------------
1/14=-1,18=20,19=15,26=1,38=1,57=2/1,3;
2/9=110,12=2,17=6,18=5,40=1/2;
--------------------------------------------------------------------------------------------------------
%mem=60MW                 这是采用优化后的log文件进行NBO分析的输入文件，这样输入会不会有问题？   
%nprocshared=3
Will use up to    3 processors via shared memory.
-------------------------------------------
# b3lyp/6-31+g(d) pop=nbo geom=connectivity
-------------------------------------------
1/38=1,57=2/1;
2/12=2,17=6,18=5,40=1/2;
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1楼 2015-03-25 21:50:50
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qchem

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
有这样的用法

但是真没条件用dft优化吗？

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2楼2015-03-25 21:57:22
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黑木秋草

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by qchem at 2015-03-25 21:57:22
有这样的用法

但是真没条件用dft优化吗？

单体只有7个，但复合物太多了，用的是个人电脑，实在是运行不过来。如果我采用DFT做NBO分析，不进一步进行DFT优化，这样结果做对比不会差太远吧?(不会意思，最近弄得有点神经质了，想确认一下，最好有先例呀)
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3楼2015-03-25 22:06:54
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qchem

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
黑木秋草: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-03-27 13:50:19
引用回帖:
3楼: Originally posted by 黑木秋草 at 2015-03-25 22:06:54
单体只有7个，但复合物太多了，用的是个人电脑，实在是运行不过来。如果我采用DFT做NBO分析，不进一步进行DFT优化，这样结果做对比不会差太远吧?(不会意思，最近弄得有点神经质了，想确认一下，最好有先例呀)...

主要怕审稿人觉得不OK让你补，就麻烦了

不然么对一些大的体系几何优化用半经验是完全可以的
先例前些年的肯定有

但现在计算条件好很多了，再这么做。。。。。
除非你证明这么做结果也一样可靠

[ 发自小木虫客户端 ]
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4楼2015-03-26 05:36:50
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
黑木秋草: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-03-27 13:50:34
一般来说是可以这么做的。但是我的建议是用DFT在优化好的结构下再opt+freq一次，应该不会很慢。
结构优化了不再做个freq有点半途而废的感觉啊。。。
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5楼2015-03-26 07:13:49
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chiweijie

禁虫 (著名写手)
本帖内容被屏蔽
6楼2015-03-26 17:29:04
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黑木秋草

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by chiweijie at 2015-03-26 17:29:04
多大的体系一定要用半经验的去优化呢？

体系不大，我试着把最复杂的一个复合物用DFT优化也就用了4天多而已，但是在做正交，太多了，没时间弄了，才出此下策
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7楼2015-03-27 13:47:02
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黑木秋草

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by qchem at 2015-03-26 05:36:50
主要怕审稿人觉得不OK让你补，就麻烦了

不然么对一些大的体系几何优化用半经验是完全可以的
先例前些年的肯定有

但现在计算条件好很多了，再这么做。。。。。
除非你证明这么做结果也一样可靠
...

做了个对比，结果好像不合理呀！！！难道吡啶跟酰胺基团不是单重态的？
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8楼2015-03-27 13:49:35
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黑木秋草

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2015-03-26 07:13:49
一般来说是可以这么做的。但是我的建议是用DFT在优化好的结构下再opt+freq一次，应该不会很慢。
结构优化了不再做个freq有点半途而废的感觉啊。。。

那如果仅仅对比复合物（含有氢键）能量的大小，采用半经验优化算出的结果做比对可靠，还是半经验优化后DFT不优化直接计算出的能量对比可靠？我试了，两种方式的对比结果不一致。。。
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9楼2015-03-27 14:29:08
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qchem

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 黑木秋草 at 2015-03-27 14:29:08
那如果仅仅对比复合物（含有氢键）能量的大小，采用半经验优化算出的结果做比对可靠，还是半经验优化后DFT不优化直接计算出的能量对比可靠？我试了，两种方式的对比结果不一致。。。...

氢键，那半经验不一定靠谱

DFT也要选泛涵的

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10楼2015-03-27 18:50:09
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