应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 低水平计算优化出来的结构能用于高水平算法上进行NBO分析吗？
101/1返回列表
查看: 1475  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

黑木秋草

银虫 (小有名气)

[求助] 低水平计算优化出来的结构能用于高水平算法上进行NBO分析吗？ 已有2人参与

用半经验PM3算法优化了一些复合物和单体，想直接在PM3优化输出的log文件里采用DFT // B31YP//6-311++G(d, p)
进行能量计算和NBO分析，结果主要是用来作对比和看复合前后的电荷变化。请问这样的对比结果可靠吗？看了很多讨论，还是不太清楚，跪求各位前辈大神们出手相助！！！！！
这是优化时的输入文件
%nprocshared=3
Will use up to    3 processors via shared memory.
%mem=600MB
%chk=D:\g09w\save\RACPM3.chk
---------------------------
# opt pm3 geom=connectivity
---------------------------
1/14=-1,18=20,19=15,26=1,38=1,57=2/1,3;
2/9=110,12=2,17=6,18=5,40=1/2;
--------------------------------------------------------------------------------------------------------
%mem=60MW                 这是采用优化后的log文件进行NBO分析的输入文件，这样输入会不会有问题？   
%nprocshared=3
Will use up to    3 processors via shared memory.
-------------------------------------------
# b3lyp/6-31+g(d) pop=nbo geom=connectivity
-------------------------------------------
1/38=1,57=2/1;
2/12=2,17=6,18=5,40=1/2;
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2015-03-25 21:50:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qchem

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
有这样的用法

但是真没条件用dft优化吗？

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
2楼2015-03-25 21:57:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

黑木秋草

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by qchem at 2015-03-25 21:57:22
有这样的用法

但是真没条件用dft优化吗？

单体只有7个，但复合物太多了，用的是个人电脑，实在是运行不过来。如果我采用DFT做NBO分析，不进一步进行DFT优化，这样结果做对比不会差太远吧?(不会意思，最近弄得有点神经质了，想确认一下，最好有先例呀)
赞一下 回复此楼
3楼2015-03-25 22:06:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qchem

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
黑木秋草: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-03-27 13:50:19
引用回帖:
3楼: Originally posted by 黑木秋草 at 2015-03-25 22:06:54
单体只有7个，但复合物太多了，用的是个人电脑，实在是运行不过来。如果我采用DFT做NBO分析，不进一步进行DFT优化，这样结果做对比不会差太远吧?(不会意思，最近弄得有点神经质了，想确认一下，最好有先例呀)...

主要怕审稿人觉得不OK让你补，就麻烦了

不然么对一些大的体系几何优化用半经验是完全可以的
先例前些年的肯定有

但现在计算条件好很多了，再这么做。。。。。
除非你证明这么做结果也一样可靠

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
4楼2015-03-26 05:36:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
黑木秋草: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-03-27 13:50:34
一般来说是可以这么做的。但是我的建议是用DFT在优化好的结构下再opt+freq一次，应该不会很慢。
结构优化了不再做个freq有点半途而废的感觉啊。。。
赞一下 回复此楼
5楼2015-03-26 07:13:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chiweijie

禁虫 (著名写手)
本帖内容被屏蔽
6楼2015-03-26 17:29:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

黑木秋草

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by chiweijie at 2015-03-26 17:29:04
多大的体系一定要用半经验的去优化呢？

体系不大，我试着把最复杂的一个复合物用DFT优化也就用了4天多而已，但是在做正交，太多了，没时间弄了，才出此下策
赞一下 回复此楼
7楼2015-03-27 13:47:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

黑木秋草

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by qchem at 2015-03-26 05:36:50
主要怕审稿人觉得不OK让你补，就麻烦了

不然么对一些大的体系几何优化用半经验是完全可以的
先例前些年的肯定有

但现在计算条件好很多了，再这么做。。。。。
除非你证明这么做结果也一样可靠
...

做了个对比，结果好像不合理呀！！！难道吡啶跟酰胺基团不是单重态的？
赞一下 回复此楼
8楼2015-03-27 13:49:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

黑木秋草

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2015-03-26 07:13:49
一般来说是可以这么做的。但是我的建议是用DFT在优化好的结构下再opt+freq一次，应该不会很慢。
结构优化了不再做个freq有点半途而废的感觉啊。。。

那如果仅仅对比复合物（含有氢键）能量的大小，采用半经验优化算出的结果做比对可靠，还是半经验优化后DFT不优化直接计算出的能量对比可靠？我试了，两种方式的对比结果不一致。。。
赞一下 回复此楼
9楼2015-03-27 14:29:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qchem

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 黑木秋草 at 2015-03-27 14:29:08
那如果仅仅对比复合物（含有氢键）能量的大小，采用半经验优化算出的结果做比对可靠，还是半经验优化后DFT不优化直接计算出的能量对比可靠？我试了，两种方式的对比结果不一致。。。...

氢键，那半经验不一定靠谱

DFT也要选泛涵的

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
10楼2015-03-27 18:50:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 黑木秋草 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 23jxep3nCNZb 2026-09-14 3/150 2026-09-15 01:21 by mibUvS8DDCwf
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 00:21 by mibUvS8DDCwf
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 3/150 2026-09-14 23:45 by vZfe6xYu34yj
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 4/200 2026-09-14 23:24 by vZfe6xYu34yj
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 6/300 2026-09-14 22:37 by vZfe6xYu34yj
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 3/150 2026-09-14 22:33 by vZfe6xYu34yj
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 3/150 2026-09-14 22:24 by vZfe6xYu34yj
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 5/250 2026-09-14 22:01 by vZfe6xYu34yj
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 5/250 2026-09-14 22:00 by vZfe6xYu34yj
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 4/200 2026-09-14 21:37 by vZfe6xYu34yj
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 5/250 2026-09-14 21:33 by vZfe6xYu34yj
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 5/250 2026-09-14 21:25 by vZfe6xYu34yj
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 5/250 2026-09-14 21:24 by vZfe6xYu34yj
[考博] 上海工程技术大学激光智能制造课题组招收博士研究生 +4 两三岁ss 2026-09-14 4/200 2026-09-14 20:29 by 班主任的同桌
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 3/150 2026-09-14 18:01 by Aj1rhIDL5ixY
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 4/200 2026-09-14 16:13 by Aj1rhIDL5ixY
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 4/200 2026-09-14 15:37 by Aj1rhIDL5ixY
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 6/300 2026-09-14 15:21 by Aj1rhIDL5ixY
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 3/150 2026-09-14 15:09 by Aj1rhIDL5ixY
[考博] 27秋季材料博士申请求助 10+3 Cahal1 2026-09-11 4/200 2026-09-14 08:50 by 北京莱茵编辑
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭