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anvier

木虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】关于金属构建晶体结构的占有率问题


和很多朋友一样,我在进行晶体结构构造时,由于ICSD数据中,有原子占有率SOF不为一的情况,导致连起码的结构优化都做不了。在该论坛的一份资料“MS建模小结”中有这么一段话,“如果做掺杂,通过建立超胞来取代,而不要更改占有率。占有率,适合于固溶体,金属合金,无序矿物。 超晶胞CASTEP 优化的速率比占位取代Atom occupancy 要快。”
还不知道自己错在哪里了。

例如这个例子:

Unit Cell 9.234(5) 9.234(5) 9.234(5) 90. 90. 90.
SG Number 217

Atom # OX SITE x                y                   z         SOF   H   ITF(B)
V 1 +0 8 c    0.1062(3)    0.1062(3)    0.1062(3)    0.5    0    0.52
V 2 +0 8 c    0.8300(3)    0.8300(3)    0.8300(3)    1. 0   0    0.3
V 3 +0 12 e      0                0            0.3522(42)  0.6667 0   0.53
Al 1 +0 8 c    0.1062(3)     0.1062(3)    0.1062(3)   0.5     0    0.52
Al 2 +0 12 e      0                0           0.3522(42)   0.3333 0   0.53
Al 3 +0 24 g  0.3087(3)    0.3087(3)     0.0394(3)   1. 0     0   0.63

在0.1062(3)  0.1062(3)  0.1062(3)这个位置,就是由一半的V加一半的Al构成的,而0  0  0.3522(42)这个位置是由0.6667 个V加0.3333个Al构成的。在添加原子时,去掉Option中的“Warn if atoms closer than 0.1 nm;”就可以把原子加进去,但是却无法计算。


相信很多朋友都遇到过这个问题,请大家参于讨论,希望高手指点。


[ Last edited by anvier on 2008-6-23 at 15:08 ]
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anvier

木虫 (正式写手)

回8楼
最简单地进行金属化合物的结构优化都做不了啊
虽然说用改变composition的方法可以构建出似乎正确的晶体结构,但对其总能量的计算结果,然后计算其形成能,发现很不对头。
这是不是还需要改变什么势函数之类的东西呢?
9楼2008-07-02 15:00:00
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acridine

木虫 (正式写手)

★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与,化学区正在举办十大“耐思”版主评选,http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=845527,欢迎你去投票支持计模版版主!
>“在添加原子时,去掉Option中的“Warn if atoms closer than 0.1 nm;”就可以把原子加进去”
这里出错了,不是在同一个位置添加两个原子,而是更改该位置原子的composition属性.把两个原子核叠放在一起当然无法计算了。
2楼2008-06-23 17:59:08
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aylayl08

荣誉版主 (文坛精英)

至尊天蝎

优秀版主

请问楼上的Atom occupancy到底是怎么用的?
珍惜拥有,快乐人生!欢迎光临计算模拟区(*^__^*)。。。。。。。。。。。。。。
3楼2008-06-23 18:00:31
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acridine

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by aylayl08 at 2008-6-23 18:00:
请问楼上的Atom occupancy到底是怎么用的?

是指原子属性中的“occupancy”选项吗?应该是描述某个原子位置实际被原子占据的几率吧,但不知道这个选项适用于哪个模块,castep是无视这个选项的,不能处理这种“原子和空位的混合”。我的版本不是最新的,不知道新版的能不能处理
4楼2008-06-23 18:29:35
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