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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【讨论】关于金属构建晶体结构的占有率问题
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anvier

木虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】关于金属构建晶体结构的占有率问题


和很多朋友一样，我在进行晶体结构构造时，由于ICSD数据中，有原子占有率SOF不为一的情况，导致连起码的结构优化都做不了。在该论坛的一份资料“MS建模小结”中有这么一段话，“如果做掺杂，通过建立超胞来取代，而不要更改占有率。占有率，适合于固溶体，金属合金,无序矿物。 超晶胞CASTEP 优化的速率比占位取代Atom occupancy 要快。”
还不知道自己错在哪里了。

例如这个例子：

Unit Cell 9.234(5) 9.234(5) 9.234(5) 90. 90. 90.
SG Number 217

Atom # OX SITE x                y                   z         SOF   H   ITF(B)
V 1 +0 8 c    0.1062(3)    0.1062(3)    0.1062(3)    0.5    0    0.52
V 2 +0 8 c    0.8300(3)    0.8300(3)    0.8300(3)    1. 0   0    0.3
V 3 +0 12 e      0                0            0.3522(42)  0.6667 0   0.53
Al 1 +0 8 c    0.1062(3)     0.1062(3)    0.1062(3)   0.5     0    0.52
Al 2 +0 12 e      0                0           0.3522(42)   0.3333 0   0.53
Al 3 +0 24 g  0.3087(3)    0.3087(3)     0.0394(3)   1. 0     0   0.63

在0.1062(3)  0.1062(3)  0.1062(3)这个位置，就是由一半的V加一半的Al构成的，而0  0  0.3522(42)这个位置是由0.6667 个V加0.3333个Al构成的。在添加原子时，去掉Option中的“Warn if atoms closer than 0.1 nm;”就可以把原子加进去，但是却无法计算。

相信很多朋友都遇到过这个问题，请大家参于讨论，希望高手指点。

[ Last edited by anvier on 2008-6-23 at 15:08 ]
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1楼2008-06-23 15:04:23
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acridine

木虫 (正式写手)
★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，化学区正在举办十大“耐思”版主评选，http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=845527，欢迎你去投票支持计模版版主！
>“在添加原子时，去掉Option中的“Warn if atoms closer than 0.1 nm;”就可以把原子加进去”
这里出错了，不是在同一个位置添加两个原子，而是更改该位置原子的composition属性.把两个原子核叠放在一起当然无法计算了。
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2楼2008-06-23 17:59:08
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aylayl08

荣誉版主 (文坛精英)

至尊天蝎

优秀版主
请问楼上的Atom occupancy到底是怎么用的？
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珍惜拥有，快乐人生!欢迎光临计算模拟区(*^__^*)。。。。。。。。。。。。。。
3楼2008-06-23 18:00:31
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acridine

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by aylayl08 at 2008-6-23 18:00:
请问楼上的Atom occupancy到底是怎么用的？

是指原子属性中的“occupancy”选项吗？应该是描述某个原子位置实际被原子占据的几率吧，但不知道这个选项适用于哪个模块，castep是无视这个选项的，不能处理这种“原子和空位的混合”。我的版本不是最新的，不知道新版的能不能处理
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4楼2008-06-23 18:29:35
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gkd_0000

新虫 (正式写手)
在castep里面，占据率的选项是没有意义的
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成功地证实种种大胆的设想和揣测，这难道不正说明我们毕生的工作是无可非议和值得自豪的吗？－－柯南道尔
5楼2008-06-23 22:14:09
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anvier

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by acridine at 2008-6-23 17:59:
>“在添加原子时，去掉Option中的“Warn if atoms closer than 0.1 nm;”就可以把原子加进去”
这里出错了，不是在同一个位置添加两个原子，而是更改该位置原子的composition属性.把两个原子核叠放在一起当然 ...

"占有率，适合于固溶体，金属合金,无序矿物。"我就是计算金属合金固溶体啊？
先试试你的方法吧，谢谢了啊！
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6楼2008-06-24 09:15:36
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anvier

木虫 (正式写手)
可是我算出来的结果不太对啊，还请高人指点
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7楼2008-07-01 11:47:44
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aylayl08

荣誉版主 (文坛精英)

至尊天蝎

优秀版主
引用回帖:
Originally posted by acridine at 2008-6-23 17:59:
>“在添加原子时，去掉Option中的“Warn if atoms closer than 0.1 nm;”就可以把原子加进去”
这里出错了，不是在同一个位置添加两个原子，而是更改该位置原子的composition属性.把两个原子核叠放在一起当然 ...

我还是不明白他说的是什么意思？？
为什么说不是在同一位置添加原子？最后又说改变composition来实现却还无法计算呢？请问楼主算的是什么啊？
金属固溶体中某些原子本来就是以一定概率填充同一位置的，就应该这样建模啊。
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8楼2008-07-01 16:56:14
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anvier

木虫 (正式写手)
回8楼
最简单地进行金属化合物的结构优化都做不了啊
虽然说用改变composition的方法可以构建出似乎正确的晶体结构，但对其总能量的计算结果，然后计算其形成能，发现很不对头。
这是不是还需要改变什么势函数之类的东西呢？
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9楼2008-07-02 15:00:00
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aylayl08

荣誉版主 (文坛精英)

至尊天蝎

优秀版主
唔，我算过总能量，对形成能没琢磨过。这个还真不知道了。
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10楼2008-07-02 15:02:55
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