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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 晶体坐标问题
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czj1019

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1楼 2015-03-18 10:26:14
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pigrass

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伊卡斯特的小猪
★ ★ ★ ★ ★
czj1019(abinitio代发): 金币+5, 鼓励交流. 正解 2015-03-20 08:03:29
build——symmetry——make P1
再导出来原子坐标多一点
8个顶点的原子只能算1个坐标，平行面面心的原子只能算1个坐标，平行棱相同位置的原子只能算1个坐标——周期性规则……
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czj1019
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2楼2015-03-18 14:58:50
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pigrass

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伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
czj1019(abinitio代发): 金币+1, 鼓励交流 2015-03-20 08:03:53
引用回帖:
4楼: Originally posted by czj1019 at 2015-03-18 18:30:34
我还想问下make P1是什么意思...

就是把空间群变成P1
举例C2221空间群，写1个原子坐标最多可以生成另外7个符合C2221对称性的原子
按C2221导出cif，这8个原子只会以1个坐标表示
按P1导出cif，8个原子的对称性关系解除，cif会显示8个原子各自的坐标
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5楼2015-03-19 08:21:28
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pigrass

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伊卡斯特的小猪
引用回帖:
8楼: Originally posted by czj1019 at 2015-03-19 10:08:33
因为没有量子化学基础，后面怎么处理也不是很清楚，求指导...

如果是为了论文写坐标，我觉得不makeP1直接导出cif的坐标就可以了，事实上大多数论文都是空间群+坐标的形式

分子模拟的时候一般也都是用的原来的空间群，印象中有的计算是需要makeP1的

具体的量化项目计算建议去量化版块问问，我主要用的还是forcite模块，量化模块没用过
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9楼2015-03-19 10:20:51
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pigrass

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伊卡斯特的小猪
引用回帖:
10楼: Originally posted by czj1019 at 2015-03-19 10:36:59
空间群一般都不变吧，确实是论文里需要的理论分析...

至少我用forcite计算的时候没有去改变空间群
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11楼2015-03-19 10:39:58
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czj1019

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6楼2015-03-19 09:00:23
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引用回帖:
6楼: Originally posted by czj1019 at 2015-03-19 09:00:23
就是去掉对称性是吧，处理后对后面的晶体的使用（利用矿物晶体分析药剂在其表面作用的能量、电荷密度，双原子能等量化参数）有影响吗？...

有影响
还是上面的例子
C2221对称性下，移动1个原子，会引起与其对称的其他原子坐标改变
P1的话不存在这样的情况
如果晶体涉及MD过程，原子肯定会改变位置
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