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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 急求助！！amber和WHAM的问题，自由能曲面
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moye1991

新虫 (初入文坛)

[求助] 急求助！！amber和WHAM的问题，自由能曲面 已有1人参与

求助各位仁兄！
我用amber进行了REMD的模拟，一个蛋白质，26个温度副本。现在想得到自由能曲面，用WHAM的方法，Grossfield Lab的。那么这个网站提供的这个程序怎么安装在我的电脑上呢？有没有同学装过？它的说明书安装好简单，我照做了还是键入wham-2D命令没有办法启动。我想得到三维的自由能曲面，两个坐标分别为Rg，RMSD。那么WHAM中的metadatafile的输入文件我要怎么写，怎么处理得到的amber的输出文件才能实现这个目的？有哪位高手做过的吗？跪求指导！谢谢！
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1楼 2015-03-17 10:52:39
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兰S水晶

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

wham适用于处理umbrella sampling的结果，remd应该不能得到pmf吧？
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2楼2020-11-17 10:32:38
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