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dgwfly

新虫 (正式写手)

[求助] 怎么才能找到硫酸铵的Lennard-Jones参数是多少? 已有2人参与

LJ模型里面的两个参数一个碰撞直径Sigma,一个势能阱的深度。因为要计算写东西,要知道硫酸铵的或者硫酸根离子、铵根离子的。在文献里一直找不到。或者怎么计算出来?
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

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dgwfly: 金币+2 2015-03-14 15:09:52
引用回帖:
3楼: Originally posted by dgwfly at 2015-03-13 13:45:37
貌似自己算确实挺麻烦的。现在手头基本上只有SVELHA推算出的那100多种纯物质的参数,很难找到其他的了,不知道还有其他什么LJ参数列表的文献木有?...

1. 首先尝试搜索ammonium sulfate Lennard Jones看是否已有文献有这方面参数。

2. 尝试在AMBER, OPLS, CHARMM, COMPASS, DREIDING等力场的文献中找是否有对应原子类型的LJ参数,我猜测AMBER或OPLS里很可能有对应原子类型的参数。
4楼2015-03-14 13:03:39
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by dgwfly at 2015-03-13 19:09:28
用第一种方法还是木有找到。
第二种方法怎么找呢。其实自己不是做分子模拟的,所以对力场不懂,关键字可能输的不是很准确。是在文献中找,还是在力场文件里面能找到原子类型的参数呢?...

OPLS的那篇JACS文献里有一些参数。
AMBER可以到它的网站上下载Amber Tools,力场参数里面有(好像也有OPLS的参数)
CHARMM力场参数网上也可以找的到
http://mackerell.umaryland.edu/charmm_ff.shtml
不过我印象中CHARMM的LJ作用势形式跟Amber和OPLS好像有点不一样。

其他的力场应该找相关文献也能查到一些。你可以在本版内搜索一下以前的快速获得Amber,CHARMM力场参数的方式。
6楼2015-03-15 12:30:03
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