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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 怎么才能找到硫酸铵的Lennard-Jones参数是多少？
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dgwfly

新虫 (正式写手)

[求助] 怎么才能找到硫酸铵的Lennard-Jones参数是多少？ 已有2人参与

LJ模型里面的两个参数一个碰撞直径Sigma，一个势能阱的深度。因为要计算写东西，要知道硫酸铵的或者硫酸根离子、铵根离子的。在文献里一直找不到。或者怎么计算出来？
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1楼 2015-03-13 21:46:04
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leijincheng

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
dgwfly: 金币+3 2015-03-14 09:45:44
话说一个势参数最原始的得法就是用第一性原理去算，然后自个儿拟合出这两个参数，这个没多少会的吧，而且太麻烦。楼楼试试用MS建两个，改变距离然后拟合两个参数呗（这个貌似也不简单）
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一起面对？
2楼2015-03-14 09:01:18
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dgwfly

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by leijincheng at 2015-03-14 09:01:18
话说一个势参数最原始的得法就是用第一性原理去算，然后自个儿拟合出这两个参数，这个没多少会的吧，而且太麻烦。楼楼试试用MS建两个，改变距离然后拟合两个参数呗（这个貌似也不简单）

貌似自己算确实挺麻烦的。现在手头基本上只有SVELHA推算出的那100多种纯物质的参数，很难找到其他的了，不知道还有其他什么LJ参数列表的文献木有？
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3楼2015-03-14 09:45:37
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
dgwfly: 金币+2 2015-03-14 15:09:52
引用回帖:
3楼: Originally posted by dgwfly at 2015-03-13 13:45:37
貌似自己算确实挺麻烦的。现在手头基本上只有SVELHA推算出的那100多种纯物质的参数，很难找到其他的了，不知道还有其他什么LJ参数列表的文献木有？...

1. 首先尝试搜索ammonium sulfate Lennard Jones看是否已有文献有这方面参数。

2. 尝试在AMBER, OPLS, CHARMM, COMPASS, DREIDING等力场的文献中找是否有对应原子类型的LJ参数，我猜测AMBER或OPLS里很可能有对应原子类型的参数。
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4楼2015-03-14 13:03:39
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dgwfly

新虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lsloneil at 2015-03-14 13:03:39
1. 首先尝试搜索ammonium sulfate Lennard Jones看是否已有文献有这方面参数。

2. 尝试在AMBER, OPLS, CHARMM, COMPASS, DREIDING等力场的文献中找是否有对应原子类型的LJ参数，我猜测AMBER或OPLS里很可能有对应 ...

用第一种方法还是木有找到。
第二种方法怎么找呢。其实自己不是做分子模拟的，所以对力场不懂，关键字可能输的不是很准确。是在文献中找，还是在力场文件里面能找到原子类型的参数呢？
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5楼2015-03-14 15:09:28
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by dgwfly at 2015-03-13 19:09:28
用第一种方法还是木有找到。
第二种方法怎么找呢。其实自己不是做分子模拟的，所以对力场不懂，关键字可能输的不是很准确。是在文献中找，还是在力场文件里面能找到原子类型的参数呢？...

OPLS的那篇JACS文献里有一些参数。
AMBER可以到它的网站上下载Amber Tools，力场参数里面有（好像也有OPLS的参数）
CHARMM力场参数网上也可以找的到
http://mackerell.umaryland.edu/charmm_ff.shtml
不过我印象中CHARMM的LJ作用势形式跟Amber和OPLS好像有点不一样。

其他的力场应该找相关文献也能查到一些。你可以在本版内搜索一下以前的快速获得Amber，CHARMM力场参数的方式。
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6楼2015-03-15 12:30:03
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
http://pan.baidu.com/s/1Coc70
这里有些LJ势函数拟合的资料
我不知道离子用L-J形式是不是合适，不过你可以尝试一下
L-J势参数的获得一个简单思路是这样的
1、计算结构的平衡态
2、假定r0间距时两个原子间的势能为E0
E0和r0符合L-J势函数关系
r0点L-J势函数的斜率为0
两个方程求两个参数A、B
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
7楼2015-03-17 10:32:36
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