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canghaiyili

木虫 (正式写手)

[交流] 怎样画进化树

知道菌株的序列,怎么画进化树,用什么软件?稍微具体点,可以多给金币!
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记住该记住的,忘记该忘记的。改变能改变的,接受不能接受的。
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zct2008

至尊木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
reasonspare(金币+5,VIP+0):谢谢分享,欢迎常来
canghaiyili(金币+5,VIP+0):这两天忙没来得及回复,见谅哦
你可以用MEGA 4软件建树,这个软件是免费的,处理结果国际上承认,发SCI文章没问题。比较好用,非常简单。给你提供一个下载地址(需要上国际网),根据你的系统下载安装就可以用了。
下载地址
http://www.megasoftware.net/

其他的软件还有 PAUP,BioNumerics等,其中以BioNumerics软件最好,但价格昂贵,大概要3.5万欧元。PAUP软件用的也比较多,也是收费的。
一般来说用MEGA 4软件就可以了,免费,只要在参考文献里面引用一下,就是对开发者最好的支持了(软件作者的期望)。

[ Last edited by zct2008 on 2008-6-20 at 22:56 ]
天行健,君子以自强不息;地势坤,君子以厚德载物。
2楼2008-06-20 22:25:07
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flylxd

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫研究PI

不懂,帮顶上
人既然不能选择生死,在这仅有一次生命里,活出自己最大的可能!
3楼2008-06-21 00:12:00
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helenfang

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by zct2008 at 2008-6-20 22:25:
你可以用MEGA 4软件建树,这个软件是免费的,处理结果国际上承认,发SCI文章没问题。比较好用,非常简单。给你提供一个下载地址(需要上国际网),根据你的系统下载安装就可以用了。
下载地址
[url]http://www. ...

好人好人,谢谢
4楼2008-06-21 10:20:28
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香菱儿

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by zct2008 at 2008-6-20 22:25:
你可以用MEGA 4软件建树,这个软件是免费的,处理结果国际上承认,发SCI文章没问题。比较好用,非常简单。给你提供一个下载地址(需要上国际网),根据你的系统下载安装就可以用了。
下载地址
[url]http://www. ...

好人!顶!
漫洒英雄泪,相离处士家。谢慈悲剃度在莲台下。没缘法转眼分离乍。赤条条来去无牵挂。那里讨烟蓑雨笠卷单行?一任俺芒鞋破钵随缘化!
5楼2008-06-22 10:55:40
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glenn_007

木虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
reasonspare(金币+3,VIP+0):谢谢分享,欢迎常来
canghaiyili(金币+4,VIP+0):这两天比较忙,回复的晚,见谅!
EMBL这个网站可以在线生成clustal w
http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/index.html
只要将output order改成input
然后将你的序列上传后,run,就可以生成漂亮的进化树啦~
6楼2008-06-23 15:42:51
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glenn_007

木虫 (小有名气)

MEGA的使用说明:
PDF: 如何用MEGA3.1构建进化树
这里也有:常用发育树相关软件中文说明书  http://www.genecool.com/bbs/thread-11694-1-1.html
7楼2008-06-23 15:53:37
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gammar116

铜虫 (初入文坛)

好人啊,谢谢
8楼2008-06-23 21:47:21
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genomelin

银虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★
reasonspare(金币+3,VIP+0):谢谢分享,欢迎常来
canghaiyili(金币+1,VIP+0):谢了!
clustal w 只是NJ树吧,近源的物种用可能较好,但也不是绝对的,这个还是和你选用的data,以及物种的多少有关的,还是用NJ,ML,MP各画一个吧,看看哪个更支持你的观点,还有对于细菌来说应该没有太多的考虑,data的选取尽量选常用于做树的gene;ML用phylip做,MP用本机MEGA或本地服务器PAUP都行
9楼2008-06-24 01:45:34
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