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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 怎样画进化树
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canghaiyili

木虫 (正式写手)

[交流] 怎样画进化树

知道菌株的序列，怎么画进化树，用什么软件？稍微具体点，可以多给金币！
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记住该记住的，忘记该忘记的。改变能改变的，接受不能接受的。
1楼 2008-06-20 21:43:11
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zct2008

至尊木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
reasonspare(金币+5,VIP+0):谢谢分享，欢迎常来
canghaiyili(金币+5,VIP+0):这两天忙没来得及回复，见谅哦
你可以用MEGA 4软件建树，这个软件是免费的，处理结果国际上承认，发SCI文章没问题。比较好用，非常简单。给你提供一个下载地址（需要上国际网），根据你的系统下载安装就可以用了。
下载地址
http://www.megasoftware.net/

其他的软件还有 PAUP，BioNumerics等，其中以BioNumerics软件最好，但价格昂贵，大概要3.5万欧元。PAUP软件用的也比较多，也是收费的。
一般来说用MEGA 4软件就可以了，免费，只要在参考文献里面引用一下，就是对开发者最好的支持了（软件作者的期望）。

[ Last edited by zct2008 on 2008-6-20 at 22:56 ]
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天行健，君子以自强不息；地势坤，君子以厚德载物。
2楼2008-06-20 22:25:07
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flylxd

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫研究PI
不懂，帮顶上
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人既然不能选择生死，在这仅有一次生命里，活出自己最大的可能！
3楼2008-06-21 00:12:00
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helenfang

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zct2008 at 2008-6-20 22:25:
你可以用MEGA 4软件建树，这个软件是免费的，处理结果国际上承认，发SCI文章没问题。比较好用，非常简单。给你提供一个下载地址（需要上国际网），根据你的系统下载安装就可以用了。
下载地址
[url]http://www. ...

好人好人，谢谢
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4楼2008-06-21 10:20:28
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香菱儿

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zct2008 at 2008-6-20 22:25:
你可以用MEGA 4软件建树，这个软件是免费的，处理结果国际上承认，发SCI文章没问题。比较好用，非常简单。给你提供一个下载地址（需要上国际网），根据你的系统下载安装就可以用了。
下载地址
[url]http://www. ...

好人！顶！
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漫洒英雄泪，相离处士家。谢慈悲剃度在莲台下。没缘法转眼分离乍。赤条条来去无牵挂。那里讨烟蓑雨笠卷单行？一任俺芒鞋破钵随缘化！
5楼2008-06-22 10:55:40
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glenn_007

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
reasonspare(金币+3,VIP+0):谢谢分享，欢迎常来
canghaiyili(金币+4,VIP+0):这两天比较忙，回复的晚，见谅！
EMBL这个网站可以在线生成clustal w
http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/index.html
只要将output order改成input
然后将你的序列上传后，run，就可以生成漂亮的进化树啦～
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6楼2008-06-23 15:42:51
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glenn_007

木虫 (小有名气)
MEGA的使用说明：
PDF： 如何用MEGA3.1构建进化树
这里也有：常用发育树相关软件中文说明书  http://www.genecool.com/bbs/thread-11694-1-1.html
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7楼2008-06-23 15:53:37
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gammar116

铜虫 (初入文坛)
好人啊，谢谢
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8楼2008-06-23 21:47:21
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genomelin

银虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
reasonspare(金币+3,VIP+0):谢谢分享，欢迎常来
canghaiyili(金币+1,VIP+0):谢了！
clustal w 只是NJ树吧，近源的物种用可能较好，但也不是绝对的，这个还是和你选用的data，以及物种的多少有关的，还是用NJ，ML，MP各画一个吧，看看哪个更支持你的观点，还有对于细菌来说应该没有太多的考虑，data的选取尽量选常用于做树的gene；ML用phylip做，MP用本机MEGA或本地服务器PAUP都行
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9楼2008-06-24 01:45:34
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