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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » Discovery Studio 2.5中需要UniRef90数据库，怎样对其进行下载和安装？
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yaoxibaga

铁虫 (小有名气)

[求助] Discovery Studio 2.5中需要UniRef90数据库，怎样对其进行下载和安装？ 已有2人参与

Discovery Studio 2.5中需要UniRef90数据库，怎样对其进行下载和安装？敬请各位的帮助，万分感谢！
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nevergivenup
1楼 2015-03-12 15:53:10
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
ftp://ftp.uniprot.org/pub/databa ... 0/uniref90.fasta.gz
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2楼2015-03-12 19:04:16
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jmcookie

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2015-03-12 19:04:16
ftp://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/uniref/uniref90/uniref90.fasta.gz

你好，我想请问下这个数据库怎么安装的？
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3楼2015-03-20 15:43:26
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jmcookie

金虫 (小有名气)
你好，我想请问下这个数据库怎么安装到Discovery Studio 2.5的？
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4楼2015-03-20 15:43:50
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lengyuewuhen

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jmcookie at 2015-03-20 15:43:50
你好，我想请问下这个数据库怎么安装到Discovery Studio 2.5的？

战友，您好！请问数据库安装到DS软件下，这个问题您是否已解决？最近小辈也遇到了同样的一个难题，望指教，不胜感激！
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迷途的我将要何去何从
5楼2015-11-10 22:54:39
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jmcookie

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by lengyuewuhen at 2015-11-10 22:54:39
战友，您好！请问数据库安装到DS软件下，这个问题您是否已解决？最近小辈也遇到了同样的一个难题，望指教，不胜感激！...

我的已解决，其实你把数据库做好之后，如果你知道DS中存放数据库的文件夹的话，直接把你的数据库拷贝过去就行，然后重启DS就能看见了，如果不知道，你可在DS安装文件夹下搜索PDB-nr95（DS本身自带的数据库）这个文件，也能找到DS存放数据库的文件夹，相对来说还是比较容易的！
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6楼2015-11-11 09:46:07
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lengyuewuhen

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by jmcookie at 2015-11-11 09:46:07
我的已解决，其实你把数据库做好之后，如果你知道DS中存放数据库的文件夹的话，直接把你的数据库拷贝过去就行，然后重启DS就能看见了，如果不知道，你可在DS安装文件夹下搜索PDB-nr95（DS本身自带的数据库）这个文 ...

感谢前辈耐心解答！晚辈按照您的指示，搜索找到了PDB＿nr95所在目录，发现数据库中都是罕见的文件格式，.phr, .pin, .psi等，而我下载的都是.pdb蛋白，请问这个数据库如何建立？望赐教，拜谢～

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迷途的我将要何去何从
7楼2015-11-11 20:13:43
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lengyuewuhen

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by jmcookie at 2015-11-11 09:46:07
我的已解决，其实你把数据库做好之后，如果你知道DS中存放数据库的文件夹的话，直接把你的数据库拷贝过去就行，然后重启DS就能看见了，如果不知道，你可在DS安装文件夹下搜索PDB-nr95（DS本身自带的数据库）这个文 ...

前辈，您好！晚辈按照您的指示搜索找到了PDB-nr95所在路径，发现都是一些陌生格式的文件，而我从NCBI上下载的是.pdb文件，请问如何建立蛋白数据库才能被软件识别？恳请您不吝赐教，晚辈万分感激~
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迷途的我将要何去何从
8楼2015-11-13 18:44:35
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jmcookie

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by lengyuewuhen at 2015-11-13 18:44:35
前辈，您好！晚辈按照您的指示搜索找到了PDB-nr95所在路径，发现都是一些陌生格式的文件，而我从NCBI上下载的是.pdb文件，请问如何建立蛋白数据库才能被软件识别？恳请您不吝赐教，晚辈万分感激~...

其实你还没有建库，这个在NCBI里面下载formatdb程序，然后将你的pdb文件转化成DS能够识别的.phr, .pin, .psi等文件格式的数据库文件，具体过程你问问度娘就知道了，也不是很难！
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9楼2015-11-13 19:43:35
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钟有奇

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by jmcookie at 2015-11-13 19:43:35
其实你还没有建库，这个在NCBI里面下载formatdb程序，然后将你的pdb文件转化成DS能够识别的.phr, .pin, .psi等文件格式的数据库文件，具体过程你问问度娘就知道了，也不是很难！...

前辈好，我是用2楼的链接下载的，然后解压得到uniref90.fasta；又下载了blast。用formatdb.exe格式化数据库，但总提示“could not open uniref90.fasta ”还请前辈指点
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10楼2015-12-24 09:44:04
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