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NTSYS 矩阵的编排？谢谢
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| 请问：在用NTSYS-PC软件处理数据之前的那个0-1矩阵是怎么弄的 啊，怎样情况是写1怎样又是0呢，是不是和MARKER条带同一位置的有条带写1,没有为0，那没有和Marker条带对到的那些条带呢，是不是也是有的写1，没有的写0，那是不是说和Marker没有关系啊，只要将扩出来的条带进行比较呢，有条带处写1否则写0呢，不懂呢，谢谢解答！ |
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tsingtao2008
木虫 (著名写手)
地球村村民
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- 虫号: 90531
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- 性别: GG
- 专业: 植物遗传学
8楼2008-06-23 13:26:32
2楼2008-06-19 19:54:17
3楼2008-06-20 09:12:57
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两分钟StepByStep学会用Ntsys-pc软件进行聚类分析 1 数据的录入方法： 1.1 利用Ntedit直接录入数据 0、1二元数据中的数据缺失记为2。其中列标可以写为样品编号，在No.rows 栏中写入0、1数据总数，No.cols 栏中写入样品总数。文件另存为*.nts格式。 1.2 从excel表中直接读入数据 Excel表中输入数据格式如下图。A1必须为1，B1为0、1数据总数，C1为样品总数。 打开Ntedit程序，选择从Excel表输入，结果见1.1图。文件另存为*.Nts格式 1.3 Ntsys-pc可以直接运行*.phy格式的文件（由phylip和phytool产生） 1.4 DNA序列数据Ntsys-PC也可以分析，但好像用的人较少。建议大家使用phylip或者其他的软件。在Excel中输入格式如下： 1.5 其他数据的Excel输入如下 2 聚类分析 Ntsys-pc2.02界面如下 以下以图中数据为例介绍聚类过程： 2.1 首先用similarity程序组中的SimQual计算形似系数矩阵。Coefficient通常选用SM 或DICE，结果输出到另一文件。 2.2 以上步的结果作为input file利用Clustering程序组中的SHAN或者Njoin进行计算，聚类分法选用UPGMA，ties选用FIND，Maximum no. tied trees至少大于样品数。 Njoin程序组界面如下，rooting method可以选用Outgroup，但需输入外元。 2.3 将SHAN或NJoin方法得到的tree file文件输入到Graphics程序组中的tree plot程序中计算 得到树图如下 利用options可以对树图进行描述与处理，界面如下 2.4 一致性分析： 可以用Clustering中的consens程序进行，两个不同文件分别输入；同一文件中不同的进化树之间的分析，则只输入到input tree1 file即可。通常多选用MAJRUL方法。 2.5 其他数据的聚类方法与此类似，在此不再赘述。 |
5楼2008-06-21 09:46:07
