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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » NTSYS 矩阵的编排？谢谢
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helenfang

铜虫 (小有名气)

[交流] NTSYS 矩阵的编排？谢谢

请问：在用NTSYS-PC软件处理数据之前的那个0-1矩阵是怎么弄的 啊，怎样情况是写1怎样又是0呢，是不是和MARKER条带同一位置的有条带写1,没有为0，那没有和Marker条带对到的那些条带呢，是不是也是有的写1，没有的写0，那是不是说和Marker没有关系啊，只要将扩出来的条带进行比较呢，有条带处写1否则写0呢，不懂呢，谢谢解答！
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1楼 2008-06-19 09:47:15
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helenfang

铜虫 (小有名气)
好像有很多人做RAPD什么的吗，应该有很多人会的才是呢，各位如果知道的一定告诉下小妹啊，马上就要用上了，谢谢谢谢谢谢啊
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2楼2008-06-19 19:54:17
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helenfang

铜虫 (小有名气)
555.。。。。。。。怎么没人回答我呢
各位前辈帮帮小妹我啊，感激不尽
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3楼2008-06-20 09:12:57
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tsingtao2008

木虫 (著名写手)

地球村村民
It's easy.
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钱要流动，人要走动
4楼2008-06-20 15:07:00
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ldz0556

两分钟StepByStep学会用Ntsys-pc软件进行聚类分析

1 数据的录入方法：
1.1  利用Ntedit直接录入数据
0、1二元数据中的数据缺失记为2。其中列标可以写为样品编号，在No.rows 栏中写入0、1数据总数，No.cols 栏中写入样品总数。文件另存为*.nts格式。

1.2  从excel表中直接读入数据
Excel表中输入数据格式如下图。A1必须为1，B1为0、1数据总数，C1为样品总数。

打开Ntedit程序，选择从Excel表输入，结果见1.1图。文件另存为*.Nts格式
1.3  Ntsys-pc可以直接运行*.phy格式的文件（由phylip和phytool产生）
1.4  DNA序列数据Ntsys-PC也可以分析，但好像用的人较少。建议大家使用phylip或者其他的软件。在Excel中输入格式如下：

1.5  其他数据的Excel输入如下


2  聚类分析
Ntsys-pc2.02界面如下

以下以图中数据为例介绍聚类过程：
2.1  首先用similarity程序组中的SimQual计算形似系数矩阵。Coefficient通常选用SM 或DICE，结果输出到另一文件。


2.2  以上步的结果作为input file利用Clustering程序组中的SHAN或者Njoin进行计算，聚类分法选用UPGMA，ties选用FIND，Maximum no. tied trees至少大于样品数。



Njoin程序组界面如下，rooting method可以选用Outgroup，但需输入外元。


2.3  将SHAN或NJoin方法得到的tree file文件输入到Graphics程序组中的tree plot程序中计算

得到树图如下


利用options可以对树图进行描述与处理，界面如下


2.4  一致性分析：
可以用Clustering中的consens程序进行，两个不同文件分别输入；同一文件中不同的进化树之间的分析，则只输入到input tree1 file即可。通常多选用MAJRUL方法。


2.5  其他数据的聚类方法与此类似，在此不再赘述。
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5楼2008-06-21 09:46:07
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helenfang

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by tsingtao2008 at 2008-6-20 15:07:
It's easy.

真是超级大好人，解释的清楚明白，帮了我大忙了，嘿嘿
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6楼2008-06-21 10:02:18
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helenfang

铜虫 (小有名气)
谢谢谢谢，感觉很温馨
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7楼2008-06-21 10:06:27
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tsingtao2008

木虫 (著名写手)

地球村村民
引用回帖:
Originally posted by helenfang at 2008-6-21 10:06:
谢谢谢谢，感觉很温馨

U are welcome.
I'm glad that my response is helpful.
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钱要流动，人要走动
8楼2008-06-23 13:26:32
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glenn_007

木虫 (小有名气)
谢谢4楼和5楼的帖子
我也学习到了不少～
我还有个疑问就是：
所用的几个引物是每个引物分别做一个分析呢？
还是可以几个引物扩增的条带在一起？

[ Last edited by glenn_007 on 2008-6-23 at 16:40 ]
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9楼2008-06-23 15:35:04
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