| 查看: 2175 | 回复: 9 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
【转贴】大分子蛋白质模拟：Amber, Gromacs和NAMD之我见
|
|||
|
恩～算来从学习MD到现在已经有将近３年了，Amber, Gromacs, NAMD这三个软件也用了不少！有一些小小的感受吧，随便说说～ 只针对大分子蛋白质的模拟，纯分子力学，来讲： Amber最好学，最容易上手，但是计算速度实在是不敢恭维，如果没有超级计算机或者计算集群的话！但是其分析工具用起来比较爽，一般所要想得到的信息基本上都能搞定拿到，稍微会一些Perl语言会比较有版主，特别是在使用MM_PBSA的时候！但是其方法延伸有些少，我是指比如SMD，TMD之类的东东。对了，还有就是力场单一，只有amber力场，虽然其对小分子的参数化坐的比较容易，也只是在操作上容易而已了！ Gromacs，速度快，力场多，分析系统模块化，用起来很爽，操作稍微复杂些，但是用熟了之后，觉得还行！群概念的引入着实不错，很实用。不足的就是对MD延伸方法的支持较少，用深了之后，觉得总是让人有些遗憾，好多功能不好实现！ 我是先学的前两个，各发了一篇小文章，IF都不到4.0！然后学的NAMD～～ NAMD，它的出现让我心情为之一振！好东西啊，当他和VMD连用的时候，加上TCL和PERL语言，简直几乎可以无所不能了！但是，我却不推荐刚入门的朋友用这个东东，原因只有一点：分析工具较为缺乏。需要自己写scripts，有些痛苦！如果做的多了，深了，外加哥们有点编程基础，NAMD自然是最好的选择，它让一切皆有可能！ 个人浅见：着急入门，着急发文章毕业的，比如本科毕业生，用Amber；有点时间，想了解一点MD较深层东西的，比如硕士生，用GROMACS；想发好文章，时间充足，确实做出点有用的，有难度的东西出来，比如博士生，没话讲：NAMD。 原文是一科大校友发表在分子模拟论坛：http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=1204 http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=1204 |
回复此楼» 猜你喜欢
夏威夷大学生物胶体与界面实验室诚招全奖博士生和博士后
已经有1人回复
-
求助立方晶体In(OH)3的CIF卡片
已经有2人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有80人回复
-
请问四氢呋喃溶解的聚合物用甲醇沉淀时，如何使沉淀过程加速？
已经有2人回复
-
[电子教材]天津大学物理化学（第七版）上、下册
已经有2人回复
-
阴离子交换膜电解二氧化碳还原
已经有0人回复
-
Chemical Bonding at Surfaces and Interfaces,最经典的一本表面上化学相互作用教材
已经有0人回复
-
九江学院2026年最新高层次人才招聘公告
已经有0人回复
-
深圳信息职业技术学院2026年教师招聘公告（最新）
已经有0人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
9楼2008-06-22 17:52:24
beefly
专家顾问 (职业作家)
地沟油冶炼专家
-
专家经验: +458 - QC强帖: 12
- 应助: 88 (初中生)
- 金币: 12938.9
- 散金: 27307
- 红花: 300
- 帖子: 4671
- 在线: 926.6小时
- 虫号: 408372
- 注册: 2007-06-21
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 计算模拟
2楼2008-06-18 23:27:08
yalefield
金虫 (文坛精英)
老汉一枚
- QC强帖: 1
- 应助: 129 (高中生)
- 贵宾: 0.17
- 金币: 21238.9
- 散金: 3440
- 红花: 66
- 帖子: 12101
- 在线: 759.1小时
- 虫号: 96063
- 注册: 2005-10-07
- 专业: 高等教育学
- 管辖: 计算模拟
3楼2008-06-18 23:39:58
4楼2008-06-19 11:06:53
