| 查看: 2066 | 回复: 9 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
【转贴】大分子蛋白质模拟：Amber, Gromacs和NAMD之我见
|
|||
|
恩～算来从学习MD到现在已经有将近３年了，Amber, Gromacs, NAMD这三个软件也用了不少！有一些小小的感受吧，随便说说～ 只针对大分子蛋白质的模拟，纯分子力学，来讲： Amber最好学，最容易上手，但是计算速度实在是不敢恭维，如果没有超级计算机或者计算集群的话！但是其分析工具用起来比较爽，一般所要想得到的信息基本上都能搞定拿到，稍微会一些Perl语言会比较有版主，特别是在使用MM_PBSA的时候！但是其方法延伸有些少，我是指比如SMD，TMD之类的东东。对了，还有就是力场单一，只有amber力场，虽然其对小分子的参数化坐的比较容易，也只是在操作上容易而已了！ Gromacs，速度快，力场多，分析系统模块化，用起来很爽，操作稍微复杂些，但是用熟了之后，觉得还行！群概念的引入着实不错，很实用。不足的就是对MD延伸方法的支持较少，用深了之后，觉得总是让人有些遗憾，好多功能不好实现！ 我是先学的前两个，各发了一篇小文章，IF都不到4.0！然后学的NAMD～～ NAMD，它的出现让我心情为之一振！好东西啊，当他和VMD连用的时候，加上TCL和PERL语言，简直几乎可以无所不能了！但是，我却不推荐刚入门的朋友用这个东东，原因只有一点：分析工具较为缺乏。需要自己写scripts，有些痛苦！如果做的多了，深了，外加哥们有点编程基础，NAMD自然是最好的选择，它让一切皆有可能！ 个人浅见：着急入门，着急发文章毕业的，比如本科毕业生，用Amber；有点时间，想了解一点MD较深层东西的，比如硕士生，用GROMACS；想发好文章，时间充足，确实做出点有用的，有难度的东西出来，比如博士生，没话讲：NAMD。 原文是一科大校友发表在分子模拟论坛：http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=1204 http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=1204 |
回复此楼» 猜你喜欢
华南师范大学广州市光谱分析与功能探针重点实验室诚招青年英才和博士后岗位研究人员
已经有11人回复
-
华南师范大学广州市光谱分析与功能探针重点实验室诚招青年英才和博士后岗位研究人员
已经有10人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有272人回复
-
200年来人们一直无法破解的难题： 气液临界点状态方程
已经有7人回复
-
细胞培养，这22个细节一定要注意！（一）
已经有0人回复
-
关于引力延迟下双星系统角动量不守恒的疑惑---求高手解答！
已经有10人回复
-
CSC访学博后项目获批，外方学校暂停合作该怎么办？
已经有51人回复
-
求标准卡片Cu0.4In0.4Zn1.2S2 PDF#32-0340
已经有2人回复
-
量子点电致发光器件（QLED）：蓝光量子点（QDs）和纳米氧化锌电子传输材料
已经有0人回复
-
需要一个圆偏振光诱导化学反应，请问使用圆偏振光作为光源，应该需要哪些设备搭建
已经有0人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
4楼2008-06-19 11:06:53
beefly
专家顾问 (职业作家)
地沟油冶炼专家
-
专家经验: +457 - QC强帖: 12
- 应助: 86 (初中生)
- 金币: 12784.9
- 散金: 27307
- 红花: 300
- 帖子: 4664
- 在线: 925.5小时
- 虫号: 408372
- 注册: 2007-06-21
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 计算模拟
2楼2008-06-18 23:27:08
yalefield
金虫 (文坛精英)
老汉一枚
- QC强帖: 1
- 应助: 129 (高中生)
- 贵宾: 0.17
- 金币: 21238.9
- 散金: 3440
- 红花: 66
- 帖子: 12101
- 在线: 759.1小时
- 虫号: 96063
- 注册: 2005-10-07
- 专业: 高等教育学
- 管辖: 计算模拟
3楼2008-06-18 23:39:58
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢原创 十大“耐思”版主评选欢迎参与投票 http://edu.emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=845527&fpage=1
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢原创 十大“耐思”版主评选欢迎参与投票 http://edu.emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=845527&fpage=1
|
呵呵，我也是做分子模拟的，前后用过Tinker，Gromacs，DLPoly，NAMD等等。个人觉得软件的选择主要是看你的系统，研究对象，对应力场。我主要是做受限流体分子的模拟。Gromacs还是比较爽的，尤其是其计算速度和最后轨迹文件的大小，说实话是别的软件无法比拟的，所谓的性价比最高。由于其在MD的核心算法上采用了一些非常底层的语言，例如汇编等，所有扩展性不是很好。这可能也是其高速度的一种不可避免的牺牲吧。 NAMD和Gromacs的另一个特点是其对并行的支持上,因为实验室条件有限，没有很多机器给我试验，所以没有什么一手资料。但是单机上gromacs的速度应该超过NAMD的。 至于分析系统，其实大家既然做到了分子模拟这一行，自己编程是不可避免的，分析系统还是自己手写的好。因为自己的课题而需要做一些修改的，还是自己手动修改的好，这样也是一种锻炼嘛。 至于2楼说的Tinker，好像做一些极化力场的比较好，别的体系没有什么特别突出的优势，计算速度也不是特别的快。 以上纯属个人意见。 |
5楼2008-06-19 15:28:24