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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 其他 » ★★★★★ 【有奖交流】免费计算软件爱好者~请进来集合~★★★★★
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snipher950

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
csfn(金币+4,VIP+0):thanks
我用到一些生物模型模拟的软件，大部分是免费的：
Gepasi
Copasi
SBW
Jdesigner
Cellware
Celldesigner
DBsolver
StochSim

and etc.
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11楼2008-06-19 13:59:29
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idoldog

铜虫 (小有名气)

紫轩资料管理专家

紫轩资料管理专家，免费
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12楼2008-06-19 17:31:16
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lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
★ ★ ★
spur(金币+3,VIP+0):感谢！！
XMD
Bigmac
Dynamo
AL-CMD
MCCCS
LAMMPS
pDynamo
Music
Openmx
Siesta
都是做MC或者MD模拟的
ATAT 这个基于第一原理 可加温
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13楼2008-06-20 15:48:01
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aylayl08

荣誉版主 (文坛精英)

至尊天蝎

优秀版主
呵呵，我对量化类的软件几乎都是不熟悉，但有时我们需要画一些金属、非金属、高分子等等一些复杂的结构图，而且非常美观，比在MS里美观的多了，同时可能也需要自己构建特殊的结构，我感觉就有必要用一下晶体方面最最流行的画图软件diamond，非常强大，我只是用过一点点而已，呵呵，大家可以尝试，小木虫里就有相应的下载。
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珍惜拥有，快乐人生!欢迎光临计算模拟区(*^__^*)。。。。。。。。。。。。。。
14楼2008-06-20 19:34:47
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lm_nudt

铁杆木虫 (著名写手)

参考了以前虫虫们的的帖子！

★ ★ ★ ★ ★
spur(金币+5,VIP+0):非常感谢分享！欢迎常来！！
分子模型化
3D分子图形显示工具 (RasMol and OpenRasMol)(免费)
AMBER (分子力学力场模拟程序)
autodock (分子对接软件)(免费)
GROMACS (分子动力学软件)(免费)
GULP (General Utility Lattice Program)(免费) NIH分子模拟中心的化学软件资源导航(Research Tools on the Web)
X-PLOR (大分子X光晶体衍射、核磁共振NMR的3D结构解析)(免费)
高通量筛选软件PowerMV (统计分析、分子显示、相似性搜索等)(免费)
化合物活性预测程序PASS(部分免费)
计算材料科学Mathub
C4：Cabrillo学院化学可视化项目以及相关软件(免费)
Databases and Tools for 3-D Protein Structure Comparison and Alignment (三维蛋白质结构对比)(免费)
Democritus (分子动力学原理演示软件)
DPD应用软件cerius2(免费)
EMSL Computational Results DataBase (CRDB)
MARVIN'S PROGRAM (表面与界面模拟)(免费)
XLOGP(计算有机小分子的脂水分配系数)(免费)
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15楼2008-06-21 23:48:06
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lm_nudt

铁杆木虫 (著名写手)

接16楼

美国斯克利普斯研究院：金属蛋白质结构和设计项目(免费)
http://folding.stanford.edu/(免费)
3D Molecular Designs (蛋白质及其他3D分子物理模型快速成型技术)
3D-Dock Suite Incorporating FTDock, RPScore and MultiDock (3D分子对接)(免费)
AMSOL (半经验量子化学计算)(免费)
Amsterdam Density Functional (ADF, 第一原理电子结构计算)
Bilbao晶体学服务器(免费)
BOSS (蒙特卡罗模拟软件)
CADPAC (剑桥量子化学计算软件)(免费)
Car-Parrinello分子动力学(CPMD, ab-initio分子动力学计算软件)(免费)
CHARMM (大分子分子力学模拟计算软件)(部分免费)
Chem2Pac package (A computational Chemistry Integrator)(免费)
ChemTK Lite (QSAR软件)(免费)
Chemweb计算化学在线工具：GAMESS(免费)
Clebsch-O-Matic (在线计算器)(免费)
Collaborative Computational Projects (协同计算计划)
COLUMBUS (量化从头计算分子电子结构程序集)(免费)
CrystalMaker Software (晶体结构可视化软件)
DL_POLY (分子动力学模拟软件)(免费)
DockVision (分子对接程序)(部分免费)
DPMTA (分子动力学并行模拟软件)(免费)
Dr. Pablo Wessig 研究小组开发的计算化学软件(免费)
eHiTS: Electronic High Throughput Screening
EMSL Gaussian Basis Set Order Form(免费)
GAMESS-UK (分子电子结构计算软件)
GAMESS: The General Atomic and Molecular Electronic Structure System(免费)
Genebrowser (生物技术、基因治疗资源导航)
Glide (分子对接程序)
GROMOS (通用分子动力学软件包)(部分免费)
HyperChem (分子模拟)
Interprobe Chemical Services (分子模型化软件)
Jmol (分子可视化软件)(免费)
List of Computationally Sick Species (ab initio计算出现问题的物质、方法)
MacroModel (分子力学计算程序)
MARDIGRAS和CORMA (弛豫矩阵分析)(免费)
MCPRO (用于蛋白质和核酸的蒙特卡罗模拟软件)
MDRANGE (分子动力学计算ion ranges)(免费)
MDynaMix (分子动力学计算软件)(免费)
MidasPlus (分子建模软件, 美国加利福尼亚大学旧金山分校计算机图形实验室开发)
MOE(分子模拟应用环境、方法开发平台)
MOLMOL (生物大分子3D结构分析和显示、NMR结构解析)(免费)
MolPOV 2.0.8 (一个将PDB文件转为POV-Ray文件的软件)(免费)
MOLPRO 量子化学软件包 (用量化从头方法计算分子电子结构)(免费)
Mopac 2002 (通用半经验量子力学程序)
NAMD (并行分子动力学计算软件)(免费)
Norgwyn Montgomery (化学软件公司)
NWChem (计算化学软件包)
OpenEye (快速计算分子的静电性质、形状)
ORAC (用于模拟溶剂化生物分子的分子动力学计算程序, 意大利佛罗伦萨大学)(免费)
ORTEP-III (美国橡树岭国家实验室晶体结构可视化--热椭圆体绘图程序)(免费)
OSIRIS Property Explorer (LogP, 溶解度、成药可能性预测)(免费)
PAPA (计算粒状物料的三维并行分子动力学计算程序)(免费)
PETRA (反应性参数预测，包括生成焓、键离解能等)(部分免费)
PharmTree (3D药效团生成和化合物分类)
Pipeline Pilot (药物发现集成平台)
PMDS (并行分子动力学模板库)(免费)
PreADMET (ADMET预测)
Protein Domain Motion Analysis Software: DynDom （蛋白质分析软件）(免费)
ProtoMol (分子动力学并行计算软件)(免费)
PSI3量子化学软件包(量化从头计算)(免费)
Q-Chem (量子化学计算软件包)
SGI应用于化学、生物信息学的软件、硬件产品
SIGMA (分子动力学相关软件)
SimBioSys (药物设计软件SPROUT)
SMILECAS 数据库 (描述分子结构、子结构和复合结构的线性编码系统)
SURFNET (量子化学计算程序)(免费)
Sweet (依据标准命名方法和分子顺序建立糖类三维模型)
Swiss PDB Viewer (PDB蛋白质结构可视化软件)
SYBYL/Base(分子模拟和药物发现平台)
TINKER (分子设计软件)(免费)
UCSF Chimera (可扩展的, 交互式分子图形程序)(免费)
VAMP/VASP (采用从头计算量子力学的分子力学)(免费)
VHMPT (螺旋膜蛋白拓扑结构显示与编辑程序)(免费)
Virtual Molecular Dynamics Laboratory (分子动力学软件)(免费)
voidoo(空腔探测软件)(免费)
WAM: Web Antibody Modeling (抗体模型构建)(部分免费)
WebMO (基于3W界面的计算化学软件包)(免费)
并行分子动力学模拟软件DoD-TBMD(免费)
大分子对接程序Hex(免费)
大规模原子(分子)并行模拟器 LAMMPS(免费)
单晶和粉末衍射合作计算项目开发的免费软件(CCP14)(免费)
蛋白质分子动力学模拟软件：CONCOORD(免费)
蛋白质模拟资源导航，美国橡树岭国家实验室ORNL
分子的物理化学性质在线计算 (用在基于结构的药物设计, 可计算logP, PSA,等)(免费)
化合物3D结构VRML文件的自动生成(免费)
化学中的常用计算机软件与资源(免费)
化学资源工具箱(免费)
计算机模拟的分子运动图像集(DSMM)(免费)
可下载的教学软件(伦敦大学玛丽女王学院化学系提供)(免费)
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16楼2008-06-21 23:49:05
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lm_nudt

铁杆木虫 (著名写手)

接17

美国华盛顿州立大学化学系：无机化学教学资源
美国加州大学圣地亚哥分校所开发的化学软件 (化学反应计算、分子建模和可视化)
美国康奈尔大学理论中心计算生物服务单元提供的免费软件 (计算生物与化学方面)(免费)
美国马里兰大学：生物技术研究所Gilson研究小组
美国能源部Ames实验室：经典分子动力学软件AL_CMD(免费)
免费远程计算：贵州大学GHPCC量子化学从头计算系统(免费)
模拟蛋白质的并行分子动力学计算程序EGO(免费)
牛津大学：抗癌药物分布式计算项目 Screensaver Lifesaver
欧洲科学基金资助项目：分子模拟所面临的挑战 (Simu: Challenges in Molecular Simulations)
生物大分子结构分析和确认系列软件(美国加州大学圣地亚哥分校大分子结构计算研究中心开发)(免费)
牙买加西印度大学Mona分校化学系所开发的免费软件(免费)
应用于双原子分子的数值Hartree-Fock程序(免费)
原子轨道3维模拟演示
海域对流层气溶胶化学箱状模型(MOCCA, 源代码)
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17楼2008-06-21 23:49:24
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lm_nudt

铁杆木虫 (著名写手)

化工过程相关软件

材料模拟计算算法库MAP
Engineeringtalk (产品新闻)(免费)
GULP (General Utility Lattice Program)(免费)
过程(工程)相关的单位换算在线工具(免费)
化学工程进展CEP的化工软件目录(免费)
计算材料科学Mathub
绿色化学专家系统The Green Chemistry Expert System (GCES)
统计学数据集、软件StatLib (archive of statistical datasets and software at Carnegie Mellon University)
制造业相关的软件目录(免费)
FEATFLOW 软件(有限元方法计算和计算流体力学)(免费)
MARVIN'S PROGRAM (表面与界面模拟)(免费)
从Chemical Online查找最新发布的化工软件(免费)
3E Company (在线MSDS管理和信息服务商)
Actio Corporation (在线化学品管理解决方案提供商)
ANSYS CFD FLOTRAN使用指南(免费)
ANSYS Inc. Corporate (工程模拟软件)
ANSYS使用手册
AspenTech
Autodesk, Inc. (中国)
Autoplant plant design software
BARON (非凸性函数全局最优化问题求解)(免费)
CCSE Applications Suite(免费)
CFD(计算流体力学)的软件, 数据, 视频和文字资料 (美国爱荷华大学IIHR-水利科学与工程研究中心发布)(部分免费)
CFDTutor and CFDExpert (CFD学习与模拟软件)
ChemiSoft (化学工程相关软件目录)
ChemSage (无机物相图计算)
ChemSep (多组分分离过程计算软件)
Chemstations (过程模拟)
COADE, Inc. (管道应力分析与设计、压力容器设计)
DESIGN II for Windows (过程模拟软件)
DIPPR (物性数据)
DR Software, Inc. (MSDS管理软件开发商)
Element DataSystem (环保实验室信息管理系统)
Environmental Technology Network (与环境有关的过程软件)
EPI Suite(与环境有关的物性估算程序包)(免费)
ePlantData (过程数据交换方法)
ESM Software(材料科学与工程软件)
Flavor Selector 5.0 (调味剂管理工具)
Fluent Inc.(CFD软件、流动和传热模拟)
General Algebraic Modeling System (GAMS, 数学规划软件
Haddock HazCom (MSDS专业服务公司)
HSE Systems (MSDS软件开发以及管理服务商)
Hyprotech (过程模拟)
IDES
ImageTrak Software (MSDS管理软件开发与服务)
ImageWave Corporation (MSDS管理数据库和服务商)
InfoDyne Softwares (MSDS的建立与管理软件, 针对欧洲标准)
LabView(仪器编程的图形化编程环境软件)
Logical Technology, Inc. (环境卫生和安全EH&S软件和服务)
M-Base Company (物性数据库和设计软件)
MINOPT (模拟优化线性、非线性、混合整数、动态、混合整数非线性问题求解)
Modeling Fluid Flow using Smoothed Particle Hydrodynamics(免费)
Moldflow Corporation (注塑模拟)
MSDS Archive (将纸载体的MSDS文件转换成符合OSHA标准的电子文档)
MSDSpro (MSDS和化学品管理服务提供商)
MSDSystem (MSDS 管理, 搜索和修复软件)
OLI Systems (水溶液系统的模拟计算)
Pacific Simulation (造纸过程模拟)
ParCFD Test Case
PenSim v2.0(青霉素发酵批处理过程模拟软件，免费)
Philadelphia Mixers (搅拌器/混合器)
PHOENICS (流体力学计算软件)
Prosim (过程模拟软件)
Reaction Design (反应、物理汽相沉积PVD)
SafeTrax (MSDS创建工具)
Scandpower AS (石油业咨询、过程模拟)
Selerant (配方产品管理工具, 技术数据表Technical Data Sheets, TDS创建工具)
SGI应用于化学、生物信息学的软件、硬件产品
Sim42 (公开源代码的化学过程模拟器项目)(免费)
Simons Technologies, Inc.
Simulation Sciences Inc. (SIMSCI)
Spotfire(决策支持软件Spotfire DecisionSite)
Sunrise Systems (管道流动模拟)
SuperPro Designer (过程模拟)
Talos (MSDS 管理软件)
THERIAK-DOMINO (平衡态及相图计算)(免费)
Virtual Materials Group, Inc. (面向过程工程的热力学应用产品开发)
WinSim Inc. (Windows、过程模拟软件)
并行分子动力学模拟软件DoD-TBMD(免费)
过程控制流程图绘制与管理软件ControlDraw 1(免费)
过程模拟环境ASCEND(免费)
韩国岭南大学计算应用流体实验室开发的免费CFD模拟软件(免费)
化学反应动力学模拟JavaScript Kinetics Simulator(免费)
化学工程软件目录, www.cheresources.com
化学平衡计算程序EQS4WIN
挥发性有机物对大气对流层影响的模拟(Tropospheric Chemistry Modelling)
计算流体力学软件CFX
空气和废气性质计算(Air and Exhaust Gas Properties V1.2)(免费)
流化床模拟分析软件ERGUN 6.0
流体动力学模拟软件包：FOAM
生物动态成象系统
水溶液反应库及平衡计算Joint Expert Speciation Syetem (JESS)(免费)
填料塔计算Packed Column Calculator
烃类二元、三元系平衡模拟软件Equilibria
物性数据库和工程小软件PhysProps, EngVert, PipeDrop
下载与交换MATLAB开发的程序(免费)
相图计算软件MTDATA
橡胶、塑料部件加工模拟(SIGMA Engineering)
意大利的里雅斯特大学应用物理系DINMA分部开发的一些CFD软件(免费)
英国工程领域高性能计算计划CCP12 (High Performance Computing in Engineering, UK)
与过程工业相关的工程软件导航 （荷兰能源环境署）
与过程相关的小型计算工具, Process Associates of America
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18楼2008-06-21 23:49:55
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lm_nudt

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
csfn(金币+10,VIP+0):感谢推荐


以上四个帖子，参考了以前别人的帖子（具体记不清了），内容比较多，比较杂，还有待大家进一步考证,这里列出只是起到一个索引的作用！


[ Last edited by lm_nudt on 2008-6-21 at 23:58 ]
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19楼2008-06-21 23:51:27
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lm_nudt

铁杆木虫 (著名写手)

同时推荐两个帖子

★ ★
csfn(金币+2,VIP+0):3q

这里推荐两个帖子：

1、一个是yalefield的，此人自称老汉，在论坛享有很高的声誉！经典不容错过！
  【名称】 一个法国人自己整理的免费软件列表
  【链接】http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=705109

2、另一个是新虫jie007 的帖子，不错，推荐一下！
  【名称】常用化学软件综述篇－－经典再现
  【链接】http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=653579


[ Last edited by lm_nudt on 2008-6-21 at 23:57 ]
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20楼2008-06-21 23:55:10
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