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csfn

荣誉版主 (知名作家)

优秀超版优秀版主优秀区长

[交流] ★★★★★ 【有奖交流】免费计算软件爱好者~请进来集合~★★★★★


一起支持发展免费(计算/辅助)软件~  


   免费(计算/辅助)软件由于经济或开源方面的优势,已经越来越受重视。版内许多虫子呼吁建立相关的分类。在此,我们先搞一个小活动,诚恳邀请广大计算爱好者介绍推广免费(计算/辅助)软件。希望您将您熟悉的,感兴趣的免费(计算/辅助)软件介绍给大家。希望越来越多的计算爱好者一起来推广优秀的软件,一起交流进步。

  您可以直接跟帖,或另外开帖介绍。形式字数不限。
  根据帖子详细度情况酌情奖励金币2-10枚







[ Last edited by csfn on 2008-8-17 at 16:28 ]
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lm_nudt

铁杆木虫 (著名写手)

接16楼

美国斯克利普斯研究院:金属蛋白质结构和设计项目(免费)
http://folding.stanford.edu/(免费)
3D Molecular Designs (蛋白质及其他3D分子物理模型快速成型技术)
3D-Dock Suite Incorporating FTDock, RPScore and MultiDock (3D分子对接)(免费)
AMSOL (半经验量子化学计算)(免费)
Amsterdam Density Functional (ADF, 第一原理电子结构计算)
Bilbao晶体学服务器(免费)
BOSS (蒙特卡罗模拟软件)
CADPAC (剑桥量子化学计算软件)(免费)
Car-Parrinello分子动力学(CPMD, ab-initio分子动力学计算软件)(免费)
CHARMM (大分子分子力学模拟计算软件)(部分免费)
Chem2Pac package (A computational Chemistry Integrator)(免费)
ChemTK Lite (QSAR软件)(免费)
Chemweb计算化学在线工具:GAMESS(免费)
Clebsch-O-Matic (在线计算器)(免费)
Collaborative Computational Projects (协同计算计划)
COLUMBUS (量化从头计算分子电子结构程序集)(免费)
CrystalMaker Software (晶体结构可视化软件)
DL_POLY (分子动力学模拟软件)(免费)
DockVision (分子对接程序)(部分免费)
DPMTA (分子动力学并行模拟软件)(免费)
Dr. Pablo Wessig 研究小组开发的计算化学软件(免费)
eHiTS: Electronic High Throughput Screening
EMSL Gaussian Basis Set Order Form(免费)
GAMESS-UK (分子电子结构计算软件)
GAMESS: The General Atomic and Molecular Electronic Structure System(免费)
Genebrowser (生物技术、基因治疗资源导航)
Glide (分子对接程序)
GROMOS (通用分子动力学软件包)(部分免费)
HyperChem (分子模拟)
Interprobe Chemical Services (分子模型化软件)
Jmol (分子可视化软件)(免费)
List of Computationally Sick Species (ab initio计算出现问题的物质、方法)
MacroModel (分子力学计算程序)
MARDIGRAS和CORMA (弛豫矩阵分析)(免费)
MCPRO (用于蛋白质和核酸的蒙特卡罗模拟软件)
MDRANGE (分子动力学计算ion ranges)(免费)
MDynaMix (分子动力学计算软件)(免费)
MidasPlus (分子建模软件, 美国加利福尼亚大学旧金山分校计算机图形实验室开发)
MOE(分子模拟应用环境、方法开发平台)
MOLMOL (生物大分子3D结构分析和显示、NMR结构解析)(免费)
MolPOV 2.0.8 (一个将PDB文件转为POV-Ray文件的软件)(免费)
MOLPRO 量子化学软件包 (用量化从头方法计算分子电子结构)(免费)
Mopac 2002 (通用半经验量子力学程序)
NAMD (并行分子动力学计算软件)(免费)
Norgwyn Montgomery (化学软件公司)
NWChem (计算化学软件包)
OpenEye (快速计算分子的静电性质、形状)
ORAC (用于模拟溶剂化生物分子的分子动力学计算程序, 意大利佛罗伦萨大学)(免费)
ORTEP-III (美国橡树岭国家实验室晶体结构可视化--热椭圆体绘图程序)(免费)
OSIRIS Property Explorer (LogP, 溶解度、成药可能性预测)(免费)
PAPA (计算粒状物料的三维并行分子动力学计算程序)(免费)
PETRA (反应性参数预测,包括生成焓、键离解能等)(部分免费)
PharmTree (3D药效团生成和化合物分类)
Pipeline Pilot (药物发现集成平台)
PMDS (并行分子动力学模板库)(免费)
PreADMET (ADMET预测)
Protein Domain Motion Analysis Software: DynDom (蛋白质分析软件)(免费)
ProtoMol (分子动力学并行计算软件)(免费)
PSI3量子化学软件包(量化从头计算)(免费)
Q-Chem (量子化学计算软件包)
SGI应用于化学、生物信息学的软件、硬件产品
SIGMA (分子动力学相关软件)
SimBioSys (药物设计软件SPROUT)
SMILECAS 数据库 (描述分子结构、子结构和复合结构的线性编码系统)
SURFNET (量子化学计算程序)(免费)
Sweet (依据标准命名方法和分子顺序建立糖类三维模型)
Swiss PDB Viewer (PDB蛋白质结构可视化软件)
SYBYL/Base(分子模拟和药物发现平台)
TINKER (分子设计软件)(免费)
UCSF Chimera (可扩展的, 交互式分子图形程序)(免费)
VAMP/VASP (采用从头计算量子力学的分子力学)(免费)
VHMPT (螺旋膜蛋白拓扑结构显示与编辑程序)(免费)
Virtual Molecular Dynamics Laboratory (分子动力学软件)(免费)
voidoo(空腔探测软件)(免费)
WAM: Web Antibody Modeling (抗体模型构建)(部分免费)
WebMO (基于3W界面的计算化学软件包)(免费)
并行分子动力学模拟软件DoD-TBMD(免费)
大分子对接程序Hex(免费)
大规模原子(分子)并行模拟器 LAMMPS(免费)
单晶和粉末衍射合作计算项目开发的免费软件(CCP14)(免费)
蛋白质分子动力学模拟软件:CONCOORD(免费)
蛋白质模拟资源导航,美国橡树岭国家实验室ORNL
分子的物理化学性质在线计算 (用在基于结构的药物设计, 可计算logP, PSA,等)(免费)
化合物3D结构VRML文件的自动生成(免费)
化学中的常用计算机软件与资源(免费)
化学资源工具箱(免费)
计算机模拟的分子运动图像集(DSMM)(免费)
可下载的教学软件(伦敦大学玛丽女王学院化学系提供)(免费)
16楼2008-06-21 23:49:05
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dnp

荣誉版主 (知名作家)

小木虫浪子

优秀版主

★ ★ ★ ★ ★
csfn(金币+5,VIP+0):小d说的大部分貌似收费软件~ 呵呵
哈哈,板凳,俺们推荐一下:
matlab,非常优良的一款计算软件,免费……

excel,origin,chemdraw,等虽然是画图,但作为一款计算的话,也不失为一个比较方便的工具,特别是对于不喜欢编程计算的而言。

fortran,曾经叱咤风云的计算语言,现在仍然有广阔的市场,虽然不是软件,但语言总得由软件实现,因此列于此。

数学方面的: maple,SPSS

另外数据挖掘的XLMiner等……

不多,等待补充
What would Jesus do?
2楼2008-06-18 22:14:01
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小曼

铁杆木虫 (文坛精英)

得瑟的玉米妞......


csfn(金币+1,VIP+0):有就快补充来^_^
o(∩_∩)o...,电脑里面装了不少软件,不过目前都还没有用着,还有的是在那里没有敢安装~~嘿嘿~~
偶滴新浪微博,欢迎加粉~~http://weibo.com/u/1874222543
3楼2008-06-18 22:15:28
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
csfn(金币+8,VIP+0):老汉信息简洁但精炼~
上面说的(ChemDraw, Origin, Excel, SPSS等等),没有一个是免费的。

老汉推荐:

(1)统计:R, SciLab
(2)二维结构、反应:ISIS/Draw, JME
(3)量化:NWChem
(4)分子力学、动力学:TINKER, NAMD, GROMACS
(5)格式转化:BABEL
(6)三维显示:Chime
(7)分子对接:ArgusLab,DOCK, AutoDOCK
(8)开发包:JChem, OEChem,PyMOL
(9)数据库:NMRShiftDB
(10)辅助工具:Jmol, GaussView, VMD, ADT....

[ Last edited by yalefield on 2008-6-18 at 22:33 ]
4楼2008-06-18 22:31:27
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