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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】哪位高手帮忙分析一下出错原因
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wanglin2788860

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】哪位高手帮忙分析一下出错原因

至今还不太清楚怎么给应助者金币，版主辛苦一下帮忙代扣吧
出错信息如下：
Error: restraint create torsion: torsion subset cannot be created for all path specifications.
while executing
"restraint create my_restraint torsion "irb_high:1:C12" "irb_high:1:C11" "irb_high:1:C10" "irb_high:1:N1""

这是在对某药物分子进行conformational analysis 遇到的问题，目的是寻找local energy最小的分子构象，附图为定义的由以上四个原子组成的该torsion

[ Last edited by wanglin2788860 on 2008-6-23 at 08:51 ]
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1楼 2008-06-18 10:54:46
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xxffliu

铜虫 (小有名气)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
不能根据所选原子创建二面角，你用的是MS吗？有的软件指定二面角的时候要先指定两个根原子，就是可旋转键的那两个原子。
一点猜想，呵呵，可以试一下。
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2楼2008-06-18 11:05:21
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wanglin2788860

银虫 (小有名气)
我用的就是ms啊，这个软件需要指定“根原子”么？如果需要的话该如何指定呢？
我完全是模仿help文件中教程Predicting a polymorphic form of a potential anti-cancer drug - conformational analysis 的做的，其中conformational analysis 是通过在tab文件中编写程序语句实现的，这段语句比较简单，我全部拷贝下来，只是把其中的分子名改变为我做的这个分子的名字，然后运行就出现了该出错信息。我仔细看了一遍没有发现指定“根原子”的语句。
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3楼2008-06-18 12:08:58
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