| 查看: 3299 | 回复: 5 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
请问TCGA的level2数据是通过哪种方法标准化的？已有1人参与
|
||
|
TCGA原始数据是level1，level2数据是通过预处理标准化得到的。 但我查了tcga官网，没有查到是用什么方法标准化，是mas5还是RMA还是gcRMA。 求高人指点。多谢。 |
回复此楼» 猜你喜欢
科研赋能时尚宠物：检测护航，焕新养宠体验
已经有0人回复
-
精测粗蛋白：以科研标尺，守品质核心
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有80人回复
-
解码碳水世界：科研探秘，赋能营养与应用
已经有0人回复
-
筑牢营养安全线：以精准检测，护健康基石
已经有0人回复
-
推荐一些20种氨基酸检测的实际应用案例
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验中的趣事：实验器材的 “乌龙”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验中的趣事：和实验材料的 “斗智斗勇”
已经有0人回复
-
蛋白质检测：精准分析，解锁生物分子的密码
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之小鼠实验：严谨设计，解析生命机制的重要载体
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之重金属检测：精准筛查，守护健康与环境的防线
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
TCGA数据库的使用交流
已经有12人回复- The Cancer Genome Atlas (TCGA)数据库的使用？
已经有6人回复
- 求TCGA 数据库的使用说明，关于数据的。
已经有7人回复
xingzhou823
木虫 (正式写手)
五道杠
- 应助: 24 (小学生)
- 金币: 2391.6
- 散金: 200
- 红花: 7
- 帖子: 789
- 在线: 170.7小时
- 虫号: 2070126
- 注册: 2012-10-18
- 性别: GG
- 专业: 生物信息学
4楼2015-03-11 15:18:57
xingzhou823
木虫 (正式写手)
五道杠
- 应助: 24 (小学生)
- 金币: 2391.6
- 散金: 200
- 红花: 7
- 帖子: 789
- 在线: 170.7小时
- 虫号: 2070126
- 注册: 2012-10-18
- 性别: GG
- 专业: 生物信息学
【答案】应助回帖
★ ★
兰溪清浅(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2015-03-11 20:36:54
兰溪清浅(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2015-03-11 20:36:54
|
TCGA中除了SNP外，还有临床数据、拷贝数变异数据、突变数据、表达谱数据、DNA甲基化数据等，看你需要哪种类型的数据进行分析； 数据水平一般有3个，但是一般level 1和level 2的数据收到保护无法下载，只能下载level 3的数据. 下载level 3的数据，TCGA就是提供的把数据mapping到对应的Gene symbol为单位的数据上了(affy平生产的数据和agilent平台的数据都适用)。如果你需要gene ID，那从biomart等网站都可以下载到gene symbol--》gene ID之间的映射关系，当然，biomart也可以直接下载到affy-->gene ID之间的关系。那个agilent的那个平台，好象是TCGA专门定制的，貌似在其他地方得不到转换表，但是，你可以直接使用level 3数据就好。 |
2楼2015-03-09 10:54:04
3楼2015-03-11 09:25:56
5楼2015-12-06 11:36:20