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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 请问TCGA的level2数据是通过哪种方法标准化的？
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兰溪清浅

新虫 (初入文坛)

[求助] 请问TCGA的level2数据是通过哪种方法标准化的？已有1人参与

TCGA原始数据是level1，level2数据是通过预处理标准化得到的。
但我查了tcga官网，没有查到是用什么方法标准化，是mas5还是RMA还是gcRMA。
求高人指点。多谢。
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呀你在看我主页！
1楼2015-03-02 12:04:56
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xingzhou823

木虫 (正式写手)

五道杠

【答案】应助回帖

★ ★
兰溪清浅(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2015-03-11 20:36:54
TCGA中除了SNP外，还有临床数据、拷贝数变异数据、突变数据、表达谱数据、DNA甲基化数据等，看你需要哪种类型的数据进行分析；
数据水平一般有3个，但是一般level 1和level 2的数据收到保护无法下载，只能下载level 3的数据.
下载level 3的数据，TCGA就是提供的把数据mapping到对应的Gene symbol为单位的数据上了(affy平生产的数据和agilent平台的数据都适用)。如果你需要gene ID，那从biomart等网站都可以下载到gene symbol--》gene ID之间的映射关系，当然，biomart也可以直接下载到affy-->gene ID之间的关系。那个agilent的那个平台，好象是TCGA专门定制的，貌似在其他地方得不到转换表，但是，你可以直接使用level 3数据就好。
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你，长大了吗？~有目的的希望小木虫不要倒闭
2楼2015-03-09 10:54:04
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兰溪清浅

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xingzhou823 at 2015-03-09 10:54:04
TCGA中除了SNP外，还有临床数据、拷贝数变异数据、突变数据、表达谱数据、DNA甲基化数据等，看你需要哪种类型的数据进行分析；
数据水平一般有3个，但是一般level 1和level 2的数据收到保护无法下载，只能下载leve ...

嗯，非常感谢，但是我想知道的是既然level3数据是标准化过的，它使用的是什么标准化方法
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呀你在看我主页！
3楼2015-03-11 09:25:56
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xingzhou823

木虫 (正式写手)

五道杠
引用回帖:
3楼: Originally posted by 兰溪清浅 at 2015-03-11 09:25:56
嗯，非常感谢，但是我想知道的是既然level3数据是标准化过的，它使用的是什么标准化方法...

不清楚呢。 另外，TCGA里的数据类型也有多种吧，芯片数据、测序数据、SNP数据、CNV数据、甲基化数据等等，不同的数据可能使用不同的处理方法吧
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你，长大了吗？~有目的的希望小木虫不要倒闭
4楼2015-03-11 15:18:57
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bloodyzero

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xingzhou823 at 2015-03-09 10:54:04
TCGA中除了SNP外，还有临床数据、拷贝数变异数据、突变数据、表达谱数据、DNA甲基化数据等，看你需要哪种类型的数据进行分析；
数据水平一般有3个，但是一般level 1和level 2的数据收到保护无法下载，只能下载leve ...

我想要临床数据，好像只有level 2里面才有，如何可以获得呢
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5楼2015-12-06 11:36:20
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zhangpengnus

新虫 (初入文坛)
TCGA的官网上有提到用了RMA标准化了affymetrix的数据。
“For affymetrix platform, If CEL files (level1 data) are normalized by RMA (Robust Multi-chip Average) method, the outputs are expression values normalized across all samples (level 3 data).”
详见：https://wiki.nci.nih.gov/display/TCGA/Data+level
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6楼2016-01-07 15:11:16
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