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请问TCGA的level2数据是通过哪种方法标准化的？ 已有1人参与
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TCGA原始数据是level1，level2数据是通过预处理标准化得到的。 但我查了tcga官网，没有查到是用什么方法标准化，是mas5还是RMA还是gcRMA。 求高人指点。多谢。 |
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xingzhou823
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【答案】应助回帖
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兰溪清浅(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2015-03-11 20:36:54
兰溪清浅(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2015-03-11 20:36:54
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TCGA中除了SNP外，还有临床数据、拷贝数变异数据、突变数据、表达谱数据、DNA甲基化数据等，看你需要哪种类型的数据进行分析； 数据水平一般有3个，但是一般level 1和level 2的数据收到保护无法下载，只能下载level 3的数据. 下载level 3的数据，TCGA就是提供的把数据mapping到对应的Gene symbol为单位的数据上了(affy平生产的数据和agilent平台的数据都适用)。如果你需要gene ID，那从biomart等网站都可以下载到gene symbol--》gene ID之间的映射关系，当然，biomart也可以直接下载到affy-->gene ID之间的关系。那个agilent的那个平台，好象是TCGA专门定制的，貌似在其他地方得不到转换表，但是，你可以直接使用level 3数据就好。 |
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xingzhou823
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