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zz422

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】对接后分子恰好与所想要的构象相反,这是什么原因?

对接后分子恰好与所想要的构象相反,假如一个小分子分为A杂环和B芳环两个区,从晶体结构中得知应该A杂环靠近活性位点,但现在我所对接的是一个有一定柔性的小分子也分为杂环和芳环,以前对接都是杂环靠近活性位点,但这个却恰好相反而是芳环靠近活性位点,这是为什么?如何使其能够以正确的方式对接进去?

[ Last edited by zzgyb on 2008-6-13 at 09:10 ]
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚


zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与,化学区正在举办十大“耐思”版主评选,http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=845527,欢迎你去投票支持计模版版主!
把它转过来
2楼2008-06-12 18:50:33
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xxffliu

铜虫 (小有名气)

★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与,化学区正在举办十大“耐思”版主评选,http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=845527,欢迎你去投票支持计模版版主!
换对接软件或者打分函数。或者你有自信确证A杂环在生物活性构象中一定是靠近位点的,可以试一下限制条件对接。对接只能作为一种参照,不可能要求得到结果一定正确。
3楼2008-06-12 18:52:37
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shenjjjj

新虫 (初入文坛)

用的什么对接软件?您这简直太正常了。
4楼2008-06-12 20:49:23
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