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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 【求助】对接后分子恰好与所想要的构象相反,这是什么原因?
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zz422

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】对接后分子恰好与所想要的构象相反,这是什么原因?

对接后分子恰好与所想要的构象相反,假如一个小分子分为A杂环和B芳环两个区,从晶体结构中得知应该A杂环靠近活性位点,但现在我所对接的是一个有一定柔性的小分子也分为杂环和芳环,以前对接都是杂环靠近活性位点,但这个却恰好相反而是芳环靠近活性位点,这是为什么?如何使其能够以正确的方式对接进去?

[ Last edited by zzgyb on 2008-6-13 at 09:10 ]
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1楼 2008-06-12 18:39:33
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xxffliu

铜虫 (小有名气)
★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，化学区正在举办十大“耐思”版主评选，http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=845527，欢迎你去投票支持计模版版主！
换对接软件或者打分函数。或者你有自信确证A杂环在生物活性构象中一定是靠近位点的，可以试一下限制条件对接。对接只能作为一种参照，不可能要求得到结果一定正确。
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3楼2008-06-12 18:52:37
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shenjjjj

新虫 (初入文坛)
用的什么对接软件？您这简直太正常了。
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4楼2008-06-12 20:49:23
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