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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 【求助】QSAR问题紧急求助高人
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0342402

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】QSAR问题紧急求助高人

本人近日做QSAR出现了如下问题，用的软件是SYBYL的COMFA，用Leave-one-out法计算，得到的r平方是 -0.136。我很纳闷，怎么能是负的呢。我设施的主组分数是6，哪位高人知道，可以点播一下。
多谢多谢

[ Last edited by zzgyb on 2008-6-11 at 14:07 ]
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1楼 2008-06-11 14:00:10
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ky96998

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
zzgyb(金币+3,VIP+0):谢谢你的参与，化学区正在举办十大“耐思”版主评选，http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=845527，欢迎你去投票支持计模版版主！
COMFA最关键的是分子叠合，出现负值很可能是你分子叠合上的问题，目前分子叠合用分子对接较多，但是对接后构象的选择很重要，也很难。不能一味的只最求选择打分高的构象。我建议你调整叠合构象。
     另外看看你的活性数据有没有转换成负对数，转换有没有正确。
     某些分子可能是个奇异点，有时去掉了模型就会变好。
     不要一味的只追求交叉验证的Q2，还要看立体场，静电场是否合理，模型的预测能力如何。
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2楼2008-06-11 14:49:57
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0342402

木虫 (小有名气)
感谢2楼的同学，我想请教下，如果我不选择对接打分高的那些构象，我该如何选择构象呢。另外，那个关于奇异点的问题，我还想请教下，如何找到哪个分子是奇异点，有什么标准嘛？

再次感谢啊
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3楼2008-06-11 19:55:29
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shenjjjj

新虫 (初入文坛)
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，化学区正在举办十大“耐思”版主评选，http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=845527，欢迎你去投票支持计模版版主！
看看预测值和实验值，做个plot图出来一目了然了
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4楼2008-06-12 21:03:46
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