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玲@玲

金虫 (初入文坛)

[求助] 收到一份审稿意见，我不明白，请高人指点 已有4人参与

收到一份审稿意见，我不明白，请高人指点
it seems inappropriate that all the H atoms for this structure were placed in calculated positions.  While H3A is bound to O3 with a distance of 0.83 Å, the O6-H3A distance is only 1.58 Å.  It seems that the H3A atom should be independently refined to some point between O3 and O6.  I have to wonder whether a better model would be that both carboxylates are deprotonated, and that there are two H+ cations in the structure to balance the charge.

收到一份审稿意见，我不明白，请高人指点
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1楼 2015-02-04 21:05:53
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我想更懂你29

专家顾问 (文坛精英)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
什么空间群，金属镍是不是处于特殊点，配体有几个羧基

[ 发自小木虫客户端 ]
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以大多数人的努力程度，还轮不到去拼天赋的地步
3楼2015-02-04 22:12:47
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匿名

用户注销 (知名作家)

精修问题可私信
感谢参与，应助指数 +1
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4楼2015-02-05 08:13:56
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我想更懂你29

专家顾问 (文坛精英)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 玲@玲 at 2015-02-05 11:32:42
两个羧基，C2空间群...

我觉的不是晶体解析的问题，而是审稿人质疑你的加氢问题，一般来说，活泼氢是要差值傅立叶加的，而你羧基上的氢是理论加的吧，另外你看一下两个羧基中的C-O键长，如果没有明显的单键和双键的区分，就证明羧基去质子化了，此外带来的问题就是，不对称单元中电荷要平衡，Ni是不是处于特殊点啊
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以大多数人的努力程度，还轮不到去拼天赋的地步
7楼2015-02-05 13:00:01
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我想更懂你29

专家顾问 (文坛精英)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 玲@玲 at 2015-02-05 15:19:30
我看了一下，C-O键长分别为1.246和1.298，羧基的C-O双键为1.21~1.23，C-O单键为1.3，是不是说明羧基没有去质子。还有怎么看Ni是不是处于特殊点呢？...

res文件中 原子那一列
C9    1   -0.266724    0.445556    0.361774    11.00000    0.11970    0.05543 =
         0.10804    0.00986    0.05334   -0.01239

比如上面的，其中11.00000就不是特殊点，10.50000，10.33333或者10.25000就是特殊点
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以大多数人的努力程度，还轮不到去拼天赋的地步
10楼2015-02-05 15:42:10
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我想更懂你29

专家顾问 (文坛精英)
引用回帖:
11楼: Originally posted by 玲@玲 at 2015-02-05 16:08:33
是10.50000，还真是特殊点  特殊点意味着什么？...

意味着+2价的Ni对单胞的贡献只有（+2*0.5=+1），因此两个羧基中只有一个去质子化了，另外一个差值傅立叶加氢，具体方法就是  把那个氢删掉，然后xl修一轮，在从它周围找到合适（键长及键角）的Q峰，命名为H3A，然后前面  精修轮数 那个位置加上  difx 0.85 0.01 H3A O3  再改这个H3A  后面的最后一列数 改为-1.50000  xl精修一轮即可
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以大多数人的努力程度，还轮不到去拼天赋的地步
12楼2015-02-05 16:28:10
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evilbat

铁虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你确定你解析的结构没有错？羧基上的H没有去质子化？
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2楼2015-02-04 21:25:55
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玲@玲

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 我想更懂你29 at 2015-02-04 22:12:47
什么空间群，金属镍是不是处于特殊点，配体有几个羧基

两个羧基，C2空间群
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5楼2015-02-05 11:32:42
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玲@玲

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by evilbat at 2015-02-04 21:25:55
你确定你解析的结构没有错？羧基上的H没有去质子化？

我查了文献，有羧基没有去质子化并配位的，晶体我解了好几遍都是这个结果
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6楼2015-02-05 11:34:04
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玲@玲

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 我想更懂你29 at 2015-02-05 13:00:01
我觉的不是晶体解析的问题，而是审稿人质疑你的加氢问题，一般来说，活泼氢是要差值傅立叶加的，而你羧基上的氢是理论加的吧，另外你看一下两个羧基中的C-O键长，如果没有明显的单键和双键的区分，就证明羧基去质子 ...

我看了一下，C-O键长分别为1.246和1.298，羧基的C-O双键为1.21~1.23，C-O单键为1.3，是不是说明羧基没有去质子。还有怎么看Ni是不是处于特殊点呢？
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8楼2015-02-05 15:19:30
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玲@玲

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by evilbat at 2015-02-04 21:25:55
你确定你解析的结构没有错？羧基上的H没有去质子化？

结构应该是没有问题的
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9楼2015-02-05 15:20:17
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