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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 求MS TraPPE Force Field
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
10楼: Originally posted by 明-明- at 2015-11-27 20:48:30
请问你的意思是不是说不用去下载TraPPE力场文件，而是找到计算所要用到的各种参数后，在MS中现存的三种力场之一中选择一个，譬如UFF进行修改（forcefield manager），然后应用修改后的力场文件进行优化等模拟操作？...

是的，MS不支持很多力场的格式文件，如果能将需要修改的力场参数用trappe替代，理论上来讲和直接用trappe效果一样
lammps好像支持的力场格式较多，也可以试试lammps
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
11楼2015-11-30 10:34:19
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明-明-

金虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by pigrass at 2015-11-30 10:34:19
是的，MS不支持很多力场的格式文件，如果能将需要修改的力场参数用trappe替代，理论上来讲和直接用trappe效果一样
lammps好像支持的力场格式较多，也可以试试lammps...

开源的软件一般支持的力场类型多，主要我目前还没有用过lammps,如果这个力场的问题这样可以解决，我可以再问一个问题吗？TraPPE中关于正构烷烃的参数好像都是基于联合原子模型的（我不确定是不是，没用过TraPPE）,那我能在MS中实现联合原子模型吗？实验室师兄们没整过，如果可行，我就可以在基础上，应用自己修改好后的力场进行模拟了。我的流体模型中有C16，应用联合原子模型也能减小计算量。
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互相交流，互相学习
12楼2015-11-30 19:43:07
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明-明-

金虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by pigrass at 2015-11-30 10:34:19
是的，MS不支持很多力场的格式文件，如果能将需要修改的力场参数用trappe替代，理论上来讲和直接用trappe效果一样
lammps好像支持的力场格式较多，也可以试试lammps...

忘记说谢谢了！自学分子动力学，没有导师指导，谢谢你们这些前辈的指导呢
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互相交流，互相学习
13楼2015-11-30 19:46:09
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horhor

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by chuchu6816 at 2015-01-29 14:28:14
可以导入编译的力场。想做个CO2吸附的模拟，文献上都用的是trappe力场。大侠有的话，给我发发吧。多谢了啊。...

你好，我在做粘土矿物吸附甲烷耳朵分子模拟，文献里都说甲烷用TraPPE模型，好像需要在力场文件里修改LJ参数，但是不知道怎么操作
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14楼2017-09-15 15:18:30
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njgywzj

新虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 明-明- at 2015-11-27 10:29:03
楼主，你好！我最近也要在MS里面用到TraPPE，请问你最后将其用到程序计算中了吗？能否交流一下细节，还望不吝赐教，谢谢！

你好，请问你实现甲烷在MS中采用联合原子模型了吗？能否交流一下，万分感谢！
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15楼2017-09-18 20:39:33
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njgywzj

新虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 明-明- at 2015-11-27 10:29:03
楼主，你好！我最近也要在MS里面用到TraPPE，请问你最后将其用到程序计算中了吗？能否交流一下细节，还望不吝赐教，谢谢！

请问解决了吗

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16楼2017-09-19 15:41:08
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njgywzj

新虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by horhor at 2017-09-15 15:18:30
你好，我在做粘土矿物吸附甲烷耳朵分子模拟，文献里都说甲烷用TraPPE模型，好像需要在力场文件里修改LJ参数，但是不知道怎么操作...

请问你解决了吗

发自小木虫IOS客户端
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17楼2017-09-19 15:42:18
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cherry8478

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by pigrass at 2015-01-29 14:54:16
http://www.chem.umn.edu/groups/siepmann/trappe/
这个是力场的网站，可以找到各种小分子的参数

以二氧化碳为例，势函数近似L-J形式，可以用L-J拟合出所需的参数，forcefield manager里将二氧化碳的L-J参数填进 ...

您好，想请教您：我发现TraPPE力场中选用的L-J 12-6势的函数形式，即图中的函数形式，与MS中Dreiding力场的12-6势的函数形式不同。dreiding力场的12-6势函数为D0*[(R0/R)^12-2*(R0/R)^6],幂指数前的系数不同。那这种情况下，若要采用TraPPE力场，是不是就不能在MS中直接改成文献中的D0,R0的值了
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18楼2018-11-08 20:33:46
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wangchen8

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by chuchu6816 at 2015-01-29 14:28:14
可以导入编译的力场。想做个CO2吸附的模拟，文献上都用的是trappe力场。大侠有的话，给我发发吧。多谢了啊。...

大神解决问题了吗？我最近也需要用到trappe力场，可是网上怎么都找不到MS中该怎么设定，跪求大神帮忙
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19楼2020-10-17 22:52:28
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