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gaowei1160银虫 (初入文坛)
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[求助]
求助群体计算软件admixture的一些问题
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| 我在用RAD筛出来的SNP位点做结构分析，分别用frappe和admixture两种软件计算，不过我发现，在K=2的时候，frappe计算结果里有3个杂合样品，admixture计算结果也有3个杂合的样品，但是这3个和frappe得出的那3个都不是同一样品，换句话说，frappe得出的杂合样品用admixture计算出来的是纯合的，而admixture得出的杂合样品用frappe算出来也是纯合的。我看了下，frappe计算结果的前边是有样品号的，而admixture计算结果是没有样品号的，我是用计算前的输入文件ped文件的顺序去对应的，不知道是不是这个原因。求给位大神指教。admixture计算的过程中会不会改变样品的顺序？ |
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你好，我也在用frappe分析snp,刚学，想请教您些问题，我在做种群遗传结构分析，我直接使用ped和map文件，但是总报如下错误： marker 664146 has only 2 non-missing alleles (8 required) marker 664153 has only 2 non-missing alleles (8 required) marker 664155 has only 4 non-missing alleles (8 required) marker 664171 has only 2 non-missing alleles (8 required) marker 664201 has only 2 non-missing alleles (8 required) marker 664203 has only 6 non-missing alleles (8 required) marker 664231 has only 2 non-missing alleles (8 required) marker 664255 has only 2 non-missing alleles (8 required) marker 664265 has only 6 non-missing alleles (8 required) marker 664270 has only 6 non-missing alleles (8 required) marker 664278 has only 4 non-missing alleles (8 required) marker 664295 has only 6 non-missing alleles (8 required) 请问大侠是什么地方错误了呢？ |
2楼2015-12-15 14:45:52