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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 关于DNASP软件设置including gaps，插入位点导致新单倍型产生
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feiye2214

木虫 (正式写手)

[求助] 关于DNASP软件设置including gaps，插入位点导致新单倍型产生

分析群体数据时发现问题了，希望有人帮我看看怎么解决。
一组DNA序列，其中有几个序列因为插入突变导致一个新的单倍型出现，目前的单倍型H2和H3之间就是这个插入位点的差异，大致是这样的:
H1：ATGAATGCATGC--ATGCATGCATGCATGC
H2：*************AT*************A****
H3：*************--**************A****
我的问题是我在DNA polymorphism时总是缺失一个单倍型，软件直接把H2、H3合并为一个单倍型了，就是说“excluded gaps”，而我想怎么设置才能“including gaps”?
关于DNASP软件设置including gaps，插入位点导致新单倍型产生
关于DNASP软件设置including gaps，插入位点导致新单倍型产生-1
关于DNASP软件设置including gaps，插入位点导致新单倍型产生-2
关于DNASP软件设置including gaps，插入位点导致新单倍型产生-3
关于DNASP软件设置including gaps，插入位点导致新单倍型产生-4
如上图所示，单倍型数量不一致，我要的Haplotype (gene) diversity, Hd     Variance of Haplotype diversity       Standard Deviation of Haplotype diversity都会不一样。
关于DNASP软件设置including gaps，插入位点导致新单倍型产生-5
我点击上图的这两个设置，也没有用，DNA polymorphism还是自动去除了gaps/missing
有人能帮我一下吗？现在基本卡住了，没法继续分析了。
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1楼 2015-01-27 12:06:16
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jcj723

木虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★ ★
youlinglyw: 金币+5, 赠人玫瑰手有余香，生物科学有你更精彩！ 2015-04-08 22:48:28
点击DNA polymorphism，在option里面选中最后一个Nuc Diversity.点击OK分析即可得到正确的Pi值。单倍型数目及单倍型多样性用Generate产生，如你上述截图。
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3楼2015-04-08 21:34:39
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琴心剑胆聪

铁虫 (小有名气)
我遇到的也是这种问题，请问你解决了吗？
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2楼2015-04-06 14:19:20
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wmx940316

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jcj723 at 2015-04-08 21:34:39
点击DNA polymorphism，在option里面选中最后一个Nuc Diversity.点击OK分析即可得到正确的Pi值。单倍型数目及单倍型多样性用Generate产生，如你上述截图。

太感谢。我就是不知道怎么着单倍型数目

发自小木虫Android客户端
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4楼2018-07-27 00:55:37
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