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feiye2214木虫 (正式写手)
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[求助]
关于DNASP软件设置including gaps，插入位点导致新单倍型产生
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分析群体数据时发现问题了，希望有人帮我看看怎么解决。 一组DNA序列，其中有几个序列因为插入突变导致一个新的单倍型出现，目前的单倍型H2和H3之间就是这个插入位点的差异，大致是这样的: H1：ATGAATGCATGC--ATGCATGCATGCATGC H2：*************AT*************A**** H3：*************--**************A**** 我的问题是我在DNA polymorphism时总是缺失一个单倍型，软件直接把H2、H3合并为一个单倍型了，就是说“excluded gaps”，而我想怎么设置才能“including gaps”?      如上图所示，单倍型数量不一致，我要的Haplotype (gene) diversity, Hd Variance of Haplotype diversity Standard Deviation of Haplotype diversity都会不一样。  我点击上图的这两个设置，也没有用，DNA polymorphism还是自动去除了gaps/missing 有人能帮我一下吗？现在基本卡住了，没法继续分析了。 |
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