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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 【求助】用hyperchem给蛋白质分子加上一个periodic box
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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veralee01

[交流] 【求助】用hyperchem给蛋白质分子加上一个periodic box

想用hyperchem给蛋白质分子加上一个periodic box，但是有部分分子总是落在盒子的外面，请教高手怎样把整个分子都装进盒子里呢？
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1楼 2008-06-06 09:49:37
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coolter2001

银虫 (小有名气)
★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，化学区正在举办十大“耐思”版主评选，http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=845527，欢迎你去投票支持计模版版主！
hyperchem里面他的模拟盒大小是有限制的
好象是56*56*56  好象是大了就不行了！！
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2楼2008-06-06 09:51:22
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veralee01

回复2楼

如果是因为模拟盒大小限制的话根本就加不上的，我的能装下，只是露出一点来，就想问问怎么把那露出的部分包进去。
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3楼2008-06-06 10:05:35
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veralee01

回复2楼

如果是因为大小限制的话模拟盒根本加不上的，我的能加上，只是分子露出一块来，怎么把露出的那块给加进去呢？
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4楼2008-06-06 10:09:33
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coolter2001

银虫 (小有名气)
先优化再装periodic box　　试试！
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5楼2008-06-06 10:45:52
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dongping001

木虫 (正式写手)
可以先优化一下结构；
或者把周期盒的大小变大
另外最重要的是：即使出去一部分也可以，因为它是周期性的，从一侧出去一定会在另外一侧进来，跑动力学的时候最明显
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6楼2008-06-06 23:10:46
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