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veralee01

[交流] 【求助】用hyperchem给蛋白质分子加上一个periodic box

想用hyperchem给蛋白质分子加上一个periodic box,但是有部分分子总是落在盒子的外面,请教高手怎样把整个分子都装进盒子里呢?
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coolter2001

银虫 (小有名气)

★ ★
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hyperchem里面他的模拟盒大小是有限制的
好象是56*56*56  好象是大了就不行了!!
2楼2008-06-06 09:51:22
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veralee01

回复2楼

如果是因为模拟盒大小限制的话根本就加不上的,我的能装下,只是露出一点来,就想问问怎么把那露出的部分包进去。
3楼2008-06-06 10:05:35
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veralee01

回复2楼

如果是因为大小限制的话模拟盒根本加不上的,我的能加上,只是分子露出一块来,怎么把露出的那块给加进去呢?
4楼2008-06-06 10:09:33
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coolter2001

银虫 (小有名气)

先优化再装periodic box  试试!
5楼2008-06-06 10:45:52
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dongping001

木虫 (正式写手)

可以先优化一下结构;
或者把周期盒的大小变大
另外最重要的是:即使出去一部分也可以,因为它是周期性的,从一侧出去一定会在另外一侧进来,跑动力学的时候最明显
6楼2008-06-06 23:10:46
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