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芕星悦

新虫 (小有名气)

[求助] 求助PCR扩增不出来的问题..... 已有11人参与

最近做分子实验PCR,总是做不出来,不知道哪位大侠能够指点一下....

PCR反应总体系为20 ul,其中包含:
DNA(10 ng/ul) 3ul ;
Primers(2 uM)上下游各3ul;
Taq酶(5U/ul) 0.2ul;
dNTP(1mM) 4ul ;
10Xbuffer(含Mg2+,1Xbuffer中含2mM) 2ul;
ddH2O补齐至20ul。

该体系用做扩增叶绿体DNA时,完全没问题,但是在扩增核基因时,仅扩增出一次,就再也没扩增出来了。从扩增效果看,也并不是特别理想。以前做的时候,是用的公司提供的预混液mix,只需加入DNA、primers、Taq,拿水补齐就行了,且扩增结果稳定。现在用同样的扩增程序,可扩增结果怎么都出不来。试了很多次,更换引物(新合成的引物)、增加引物浓度(终浓度为0.3、0.5、1uM的都试过)、更换dNTP、更换DNA、增加DNA模版浓度(体系中30ng、40ng、50ng的都试过),但最终都是无结果。PCR扩增程序没问题的,因为之前用预混液做出来有结果的。只是现在没有条件了,没有再购买预混液了。

另外,不知道水是不是有问题?我做叶绿体基因的时候,扩增结果良好,扩增图谱比较清晰,但用同样的体系,只是更换引物,没有更换水,结果怎么都做不出来了,求大神帮忙.....
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芕星悦

新虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 立林258369 at 2015-01-23 00:25:30
可以尝试将酶含量提高,加大模板量到100ng。预混的也是这些,可以参考一下它的配比

你们用后染色法么?琼脂糖凝胶,利用后染色法(EB为核酸染料),总感觉染色效果也不太好。你们那里用什么染色?
15楼2015-02-02 10:32:05
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红卫大兵

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
我们都是模板和引物都是1ul别的没变。不知道你的体系对不对
2楼2015-01-21 22:46:14
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芕星悦

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 红卫大兵 at 2015-01-21 22:46:14
我们都是模板和引物都是1ul别的没变。不知道你的体系对不对

因为引物浓度是2uM的,所以用了3ul,使其终浓度为0.3uM。模版的话30ng应该是足够的。
3楼2015-01-22 00:08:21
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18761615793

木虫 (正式写手)

小虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2015-01-23 13:47:21
引物和模板的浓度看起来是高了,但是如果已经对两者的浓度进行过摸索,还是没有得到结果的话,就可以考虑扩增时酶的问题(普通的Taq酶或者是热启动Taq酶)。
如果采用相同的体系,只是针对不同的DNA模板,其中一个DNA模板扩增完全没有问题,而另一个无论怎样进行体系优化也没有结果,说明问题是在DNA模板本身,是否是降解了,亦或是引物设计不合理,无法扩增。
todayisdifficult,tomorrowismoredifficult,butthedayaftertomorrowisbeautiful
4楼2015-01-22 11:04:07
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