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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 【求助】关于过渡态问题
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lightgjx

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】关于过渡态问题

在ms教程中有关于有机物的过渡态搜索,  在教程中,是先采用对初态和末态分别进行结构优化,然后进行过渡态搜索,那么,我的问题有两个:

1、表面吸附的过渡态搜索是否可以采用同样的思路呢,

2、如果能采用，那么在对初态和末态进行优化的时候，是否可以采用结构优化，因为看到很多文献是采用的是动力学，采用结构优化后寻找过渡态，这样合理吗

请各位指教，谢谢

[ Last edited by freshgirl on 2009-6-26 at 16:56 ]
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1楼 2008-06-04 20:30:44
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spur

金虫 (正式写手)
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
你的想法是对的。这个思路也正是vasp的NEB方法。不过优化的初末态的晶格大小要一样，程序才能正常执行。
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2楼2008-06-04 20:59:46
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goodman959

★ ★
spur(金币+2,VIP+0):3Q!感谢帮助！
思路是正确的，可以将小分子距离载体较远处进行结构优化作为反应物，最终吸附稳定后的优化作为产物，匹配后进行TS search
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3楼2008-06-05 09:19:59
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lightgjx

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by goodman959 at 2008-6-5 09:19:
思路是正确的，可以将小分子距离载体较远处进行结构优化作为反应物，最终吸附稳定后的优化作为产物，匹配后进行TS search

为什么要“较远”呀，如果不是较远是不是就不合理呀。那"多远"才合理呀,谢谢

[ Last edited by lightgjx on 2008-6-5 at 21:03 ]
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4楼2008-06-05 21:00:13
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lightgjx

木虫 (正式写手)
还有一个问题，如果建立的初态不稳定，比如吸附在顶位的分子经过优化到了洞位，这怎么办？？谢谢指点
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5楼2008-06-05 21:07:36
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zhangsky8812

顶位吸附不稳定，所以根本不用考虑。
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6楼2008-06-06 06:03:46
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lightgjx

木虫 (正式写手)
★ ★
spur(金币+2,VIP+0):3Q!感谢参与！
引用回帖:
Originally posted by zhangsky8812 at 2008-6-6 06:03:
顶位吸附不稳定，所以根本不用考虑。

是分子键中心在顶位,而两个分子指向桥位,最终优化后,都到了洞位,如果在离表面"较远"是不是会有所改观.
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7楼2008-06-06 07:36:45
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zhangsky8812

★ ★
spur(金币+2,VIP+0):3Q!感谢参与！
如果在范的华半径以外，通常可以得到一个稳定的优化结构。也就是等于把两个分子分开考虑。如果距离不够远，情况就比较tricky。
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8楼2008-06-06 08:42:54
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