24小时热门版块排行榜    

查看: 861  |  回复: 7
当前主题已经存档。

lightgjx

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】关于过渡态问题

在ms教程中有关于有机物的过渡态搜索,  在教程中,是先采用对初态和末态分别进行结构优化,然后进行过渡态搜索,那么,我的问题有两个:

1、表面吸附的过渡态搜索是否可以采用同样的思路呢,

2、如果能采用,那么在对初态和末态进行优化的时候,是否可以采用结构优化,因为看到很多文献是采用的是动力学,采用结构优化后寻找过渡态,这样合理吗

请各位指教,谢谢

[ Last edited by freshgirl on 2009-6-26 at 16:56 ]
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

spur

金虫 (正式写手)


zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎再次光临计算模拟版!
你的想法是对的。这个思路也正是vasp的NEB方法。不过优化的初末态的晶格大小要一样,程序才能正常执行。
2楼2008-06-04 20:59:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

goodman959

★ ★
spur(金币+2,VIP+0):3Q!感谢帮助!
思路是正确的,可以将小分子距离载体较远处进行结构优化作为反应物,最终吸附稳定后的优化作为产物,匹配后进行TS search
3楼2008-06-05 09:19:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lightgjx

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by goodman959 at 2008-6-5 09:19:
思路是正确的,可以将小分子距离载体较远处进行结构优化作为反应物,最终吸附稳定后的优化作为产物,匹配后进行TS search

为什么要“较远”呀,如果不是较远是不是就不合理呀。那"多远"才合理呀,谢谢

[ Last edited by lightgjx on 2008-6-5 at 21:03 ]
4楼2008-06-05 21:00:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lightgjx

木虫 (正式写手)

还有一个问题,如果建立的初态不稳定,比如吸附在顶位的分子经过优化到了洞位,这怎么办??谢谢指点
5楼2008-06-05 21:07:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangsky8812

顶位吸附不稳定,所以根本不用考虑。
6楼2008-06-06 06:03:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lightgjx

木虫 (正式写手)

★ ★
spur(金币+2,VIP+0):3Q!感谢参与!
引用回帖:
Originally posted by zhangsky8812 at 2008-6-6 06:03:
顶位吸附不稳定,所以根本不用考虑。

是分子键中心在顶位,而两个分子指向桥位,最终优化后,都到了洞位,如果在离表面"较远"是不是会有所改观.
7楼2008-06-06 07:36:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangsky8812

★ ★
spur(金币+2,VIP+0):3Q!感谢参与!
如果在范的华半径以外,通常可以得到一个稳定的优化结构。也就是等于把两个分子分开考虑。如果距离不够远,情况就比较tricky。
8楼2008-06-06 08:42:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lightgjx 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 时间戳变了,能看出什么问题? +8 基诺咪客 2026-08-17 11/550 2026-08-18 17:13 by 悠然熊猫
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +50 医学老男孩 2026-08-13 109/5450 2026-08-18 16:56 by 医学老男孩
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +9 yuleib84 2026-08-18 10/500 2026-08-18 16:52 by archvillain
[基金申请] 明天放榜? +4 Shxjjxjkx 2026-08-18 4/200 2026-08-18 15:59 by abcabc1133
[论文投稿] 投稿咨询 +4 wwm09 2026-08-17 6/300 2026-08-18 15:36 by wwm09
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +14 archvillain 2026-08-15 26/1300 2026-08-18 13:37 by phantomgost
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜? +13 Ldrop2023 2026-08-13 16/800 2026-08-18 12:25 by 淀粉搬运工
[基金申请] 2027广东省杰青 +3 奶牛小黑 2026-08-15 8/400 2026-08-18 11:47 by gltch
[基金申请] 快农历七夕节了,轻松一下,男人悄悄话,女施主请不要进来。 +4 Tide man 2026-08-14 5/250 2026-08-18 11:35 by Tide man
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +6 angus9576 2026-08-17 11/550 2026-08-17 23:57 by angus9576
[基金申请] 今天系统多次维护,明天很可能放榜! +8 zju2000 2026-08-16 9/450 2026-08-17 12:20 by lmz0216
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 26/1300 2026-08-16 12:35 by 启萌科技
[精细化工] 招聘 金属平磨液,抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 各位道友,我要去昆明玩几天,回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果? +4 yuleib84 2026-08-11 4/200 2026-08-14 23:05 by lfy8008
[基金申请] 重要来源:本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] Filecode 又变了,巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
[基金申请] 结合人工智能,周易传统文化,filecode打分制来了,3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
信息提示
请填处理意见