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liumeng611

银虫 (正式写手)

[求助] 两个基因的5'和3'端序列相同长度也相同,构建载体时如何区分开二者? 已有1人参与

求指教:我要构建的两个基因cDNA的5'和3'端序列是一模一样的,只有中间有若干碱基不同,需要做酵母双杂所以必须要全长的cDNA,可是设计出的引物无法区分出两个基因,两个基因大小只差4bp,电泳也区分不开,这可怎么办呢?虽然是模式植物,但目前基因组测序还不完整,想得到上下游的序列也不大可能。。
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
liumeng611: 金币+15, ★★★★★最佳答案, 非常感谢,很详尽的解释!! 2015-01-19 16:29:45
1.设计一对扩增全长的引物A,PCR扩增出一个基因,是两个中的一个就行;
2.测序看看扩增得到的是哪一个;
3.用点突变技术,从得到的那个基因突变出另一个基因,两个基因就4个碱基不同,点突变应该可以;
4.再设计一对引物B,引物两端要有特异性的序列,然后用引物B扩增突变得来的基因;(上载体之后引物也会翻译成蛋白,如果你不想引物翻译,那可以改造引物A:正向引物不变,反向引物加上终止密码子后接特异序列,有终止密码子引物就不表达了)
5.上载体后可以用A、B两个引物将基因分开。
2楼2015-01-19 16:24:48
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