| 查看: 869 | 回复: 4 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[求助]
gromacs 已有1人参与
|
|||
| 安装ubuntu系统自带的gromacs 4.6.6-1，但是只是单机版的。如何继续安装并行版的gromacs？求大神指点！ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 gromacs |
» 猜你喜欢
材料工程专硕求调剂
已经有5人回复
-
296求调剂
已经有10人回复
-
332求调剂
已经有5人回复
-
318求调剂
已经有7人回复
-
求调剂 有机化学考研356分
已经有10人回复
-
279求调剂
已经有5人回复
-
283求调剂（080500）
已经有12人回复
-
考研调剂
已经有4人回复
-
300求调剂，材料科学英一数二
已经有14人回复
-
化学308分调剂
已经有6人回复
5楼2015-03-13 11:13:47
wbf3ng
金虫 (小有名气)
- 应助: 116 (高中生)
- 金币: 2086.3
- 红花: 8
- 帖子: 255
- 在线: 171.4小时
- 虫号: 3202097
- 注册: 2014-05-13
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
2楼2015-01-17 13:07:40
|
我的gromacs是4.6.6-1版本的，单机版的ubuntu软件中心有，我直接安装了。可是并行版的gromacs要手动编译。我是按照下面的方法弄的。 下面将安装并行版的Gromacs. （1）准备工作 a.安装gcc: sudo apt-get install gcc b.安装g++: sudo apt-get install g++ c. 安装gfortran: sudo apt-get install fort77。 d. 安装lam-mpi: 下载：wget http://www.lam-mpi.org/download/files/lam-7.1.4.tar.bz2 解压：tar xvjf lam-7.1.4.tar.bz2 安装： cd lam-7.1.4 ./configure make make install 至此，安装并行版Gromacs的准备工作已完成。返回gromacs的解压目录： cd ../gromacs-xxx (2) 安装并行版Gromacs make clean ./configure --enable-mpi --program-suffix=_mpi make mdrun （因为只有mdrun需要并行，所以，之需要make mdrun) sudo make install-mdrun. 我的安装并行版Gromacs的准备工作已完成。开始第（2）步之前，它说“要返回gromacs解压目录”，我不知道gromacs解压在哪里，因为单机版的gromacs是系统自己就有的。求大神指点，我刚接触，所以一窍不通。。。 |
3楼2015-01-18 10:14:35
awaken2013
铜虫 (小有名气)
- 模拟EPI: 2
- 应助: 26 (小学生)
- 金币: 137.9
- 红花: 15
- 帖子: 243
- 在线: 149.6小时
- 虫号: 2854550
- 注册: 2013-12-07
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
4楼2015-01-20 00:24:37
