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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 怎样得到吸附结构的分子密度分布曲线
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wangfei天空

铜虫 (小有名气)

[求助] 怎样得到吸附结构的分子密度分布曲线

用MS得到的甲烷在石墨层间的吸附结构，怎样获得右边的密度分布曲线呢？
谢谢大家

怎样得到吸附结构的分子密度分布曲线
L44A61T[931`MNZ]LUTZCJC.png
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1楼 2015-01-15 15:21:16
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 应助指数+1 2015-01-15 20:43:24
wangfei天空(月只蓝代发): 金币+3, 鼓励交流 2015-01-15 20:43:27
wangfei天空: 金币+20, ★★★很有帮助, 帮助了大半 2015-01-15 21:11:57
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7658843
我之前回过一个类似的帖子
是forcite 的concentration profile功能
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
2楼2015-01-15 15:49:34
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wangfei天空

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pigrass at 2015-01-15 15:49:34
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7658843
我之前回过一个类似的帖子
是forcite 的concentration profile功能

谢谢老师的耐心指点

失败的原因是这个不是周期性

但是之前一个有个同事说，MS默认周期性边界

请问这个又怎么设置呢，还是我的模型本身的问题
怎样得到吸附结构的分子密度分布曲线-1
Z8TJ]5`(0J}O8J2Y2SWL0LC.jpg
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3楼2015-01-15 16:47:21
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
★
wangfei天空(月只蓝代发): 金币+1, 鼓励交流 2015-01-15 20:43:34
引用回帖:
3楼: Originally posted by wangfei天空 at 2015-01-15 16:47:21
谢谢老师的耐心指点

失败的原因是这个不是周期性

但是之前一个有个同事说，MS默认周期性边界

请问这个又怎么设置呢，还是我的模型本身的问题

Z8TJ]5`(0J}O8J2Y2SWL0LC.jpg
...

模型必须要是晶体、无定型晶胞等周期性结构，不然程序不知道从哪里开始计算

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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4楼2015-01-15 19:54:45
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wangfei天空

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by pigrass at 2015-01-15 19:54:45
模型必须要是晶体、无定型晶胞等周期性结构，不然程序不知道从哪里开始计算
...

应该是不能make p1噶
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5楼2015-01-15 21:10:46
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
5楼: Originally posted by wangfei天空 at 2015-01-15 21:10:46
应该是不能make p1噶...

计算concentration profile的时候无所谓有没有make P1，只要保证是周期性结构就行
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6楼2015-01-16 09:09:31
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wangfei天空

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by pigrass at 2015-01-16 09:09:31
计算concentration profile的时候无所谓有没有make P1，只要保证是周期性结构就行...

昨天尝试了不make p1跑，  结果确实还是出错了

请问怎样保证周期性呢
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7楼2015-01-16 15:42:12
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wangfei天空

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by pigrass at 2015-01-16 09:09:31
计算concentration profile的时候无所谓有没有make P1，只要保证是周期性结构就行...

吸附剂结构是由MS自带单晶建立的超晶胞  supercell这个好像是默认的周期性边界   我是先给吸附剂结构 两种吸附质都分配了力场再Sorption的  吸附过程中没有再计算力场  是这个问题吗  
老师您说的保证，请问怎样保证呢
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8楼2015-01-16 15:51:34
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wangfei天空

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by pigrass at 2015-01-16 09:09:31
计算concentration profile的时候无所谓有没有make P1，只要保证是周期性结构就行...

有个怪现象：我跑1000步的吸附结构可以用concentration profile   但是跑20000000步的吸附结构却不能用了
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9楼2015-01-16 16:00:15
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
9楼: Originally posted by wangfei天空 at 2015-01-16 16:00:15
有个怪现象：我跑1000步的吸附结构可以用concentration profile   但是跑20000000步的吸附结构却不能用了...

能不能把dynamic后的xtd文件发给我 我试试看 1195844198@qq.com 是要求孔洞中小分子的分布吧？
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10楼2015-01-16 16:23:32
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