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桃花璎珞

铁虫 (初入文坛)

[求助] 可以用autodock将三个蛋白docking在一起么 已有2人参与

大家好~
我是结构生物学的小渣一枚,现在的课题是A-B-C三个蛋白复合物,B作为桥梁连接A和C蛋白。
因为表达的问题,我做了B的截短,但是发现将三个蛋白过分子筛时,A-B和B-C两两结合,没有A-B-C的三元复合物。
因此想是不是A-B的结合区域与B-C的结合区域重叠?
现在已知A和C的结构,也已知A-B与B-C结合的domian,那能不能先用rebetta预测出截短蛋白B的结构,再利用autodock将三个蛋白docking在一起看看是否结合区域重叠了呢?
多谢各位大神解答。
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wbf3ng

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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感谢参与,应助指数 +1
桃花璎珞: 金币+50, 有帮助 2015-02-02 10:29:18
理论上可以,不过ad是做小分子和蛋白对接的为主,蛋白蛋白的做起来比较麻烦

[ 发自小木虫客户端 ]
2楼2015-01-14 06:46:48
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

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感谢参与,应助指数 +1
桃花璎珞: 金币+50, 有帮助 2015-02-02 10:29:25
可以用ZDOCK和hex等蛋白-蛋白对接软件解决
3楼2015-01-14 21:45:07
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桃花璎珞

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wbf3ng at 2015-01-14 06:46:48
理论上可以,不过ad是做小分子和蛋白对接的为主,蛋白蛋白的做起来比较麻烦

确实很麻烦,我预测的三级结构由于没有模板也很不可靠,所以就放弃了
4楼2015-02-02 10:30:22
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星星Yo

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 桃花璎珞 at 2015-02-02 10:30:22
确实很麻烦,我预测的三级结构由于没有模板也很不可靠,所以就放弃了...

我想请问一下AutoDock如何做蛋白-蛋白对接呢?找到的教程都是蛋白与小分子对接,处理蛋白总出问题~
5楼2015-06-19 16:04:43
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白鸿明

木虫 (正式写手)

有一个日本的网站可以做蛋白蛋白直接结合的。
你要是做汇报申请项目可以用,要是发文章不知道可信度高不高。

再就是DS里面ZDock应该也可以做蛋白蛋白作用
6楼2015-06-24 17:55:27
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