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oudegeshen

银虫 (小有名气)

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虫号: 861211
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性别: GG
专业: 高分子合成化学

[求助] Materials Studio 7.0 计算PGA(一种高分子)密度，最终目的期望得到好的PGA分子结构

维基百科数据显示PGA (poly glycolic acid) 密度1.53 g/cm^3
但我用materials studio计算的值是1.40 g/cm^3
方法：建立PGA均聚物——PGA分子，然后modify charge。一个PGA分子含30个glycolic acid 单体，一个Amorphous cell construction 的边长为31埃，计算质量为medium，5个frame.
然后几何优化，几何优化后选择用能量最低的frame计算Forcite dynamics：NPT--298K，1.0e-4GPa，压力和温度都用Anderson，计算时间为2纳秒。
我试过几何优化后用Forcite anneal-NVT，然后再计算Forcite dynamics。但得到的密度反而更小一点。
也试过将一个PGA分子的单体数目设为100，Amorphous cell construction 的边长为40埃，然后用Forcite dynamics计算，结果密度小于1.4 g/cm^3.

还有个问题，每次建立的Amorphous construction cell 内分子分布都不均匀，而且分子间总有很大的缝隙，怎样的得到更好的结构或能量更低的结构呢？

求教高手！！

谢谢！！

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