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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Monte Carlo » 作MOF的蒙特卡罗模拟吸附小分子时CIF文件有无序结构时如何处理
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youyno

银虫 (正式写手)

[求助] 作MOF的蒙特卡罗模拟吸附小分子时CIF文件有无序结构时如何处理 已有1人参与

最近在用MS7.0的Sorption模块做MC时，从CCDC上下载CIF文件建模的时候发现多个结构有很多无序结构，比如同一个苯环出现了多个重叠，我知道这是由于做XRD，解单晶时反映的一个整体结构时由于同一个重复单元在不同的晶胞里面的位置不用造成的，反映到CIF文件中就是同一个位置出现多个相同的结构，而且都有一定的占有率。更明显的是一个甲基上的三个H在CIF中反映为6个H，其占有率均为50%，删除其中一个另外一个也跟着被删除了。那我的问题是我们在拿这种CIF文件做MC模拟的时候，有没有必要人为的将这些无序和不符合化学常识的情况调整过来？如果需要调整的话，是不是每一种占有率情况下的结构都要做一次模拟？
各位做MC的大牛，小弟刚刚接触这个，请大家多多指教！
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平生多磨砺，男儿自横行！
1楼 2015-01-08 15:38:13
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银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
youyno: 金币+10, ★★★很有帮助, 也就是说这样的结构是可以算!但是那些删除的结构在晶体中也占了一定的比例，我们是要忽略这些吗？ 2015-01-08 21:56:32
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2015-01-09 10:25:09
这个和晶胞的对称性有关，如何你直接导进来进行修改不合适的话，可以把晶胞MAKE P1后进行修改，P1的对称性最低
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2楼2015-01-08 20:44:26
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银虫 (小有名气)
直接从晶体库里导出来的晶胞都是需要修改的，你可以查阅文献得到它的标准结构，把导出来的晶胞改到标准就可以了，标准结构只有一个
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3楼2015-01-08 22:02:39
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