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gn02530640银虫 (小有名气)
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有没有办法使用 Packmol 取代Material Studio来缩盒子？(NAMD前处理用)
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有没有办法使用 Packmol 取代Material Studio来缩盒子？(NAMD前处理用，解决初始结构不佳的问题) 如题，小弟我目前正在使用NAMD作研究，在进行动力学模拟前首先当然得先将要模拟的分子和溶剂放入盒子内。 在此之前我都是使用Material Studio的 Amorphous Cell Tool 模块来达成，并且也用了缩盒子的方法。关于缩盒子，按照师兄传授给我的观念是：一开始将盒子的体积设得比较大(密度较低)，分子会有比较充裕的空间来移动，如此一来初始结构会比较正常，之后再慢慢缩小盒子的体积(也就是提高密度或浓度)，直到和实验值吻合为止。 当然缩盒子并不是必要的，也是可以在一开始直接调整成和实验值相同的密度，就把分子放进盒子内。只是依照我个人到目前为止的经验是，不缩盒子得出的初始结构通常不是很好，在进行NAMD模拟前的能量最小化步骤时就很容易出现 ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 1624! ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable. 这样的错误( VDW和TOTAL能量值等等都会变成-9999999999.9999)， 即使加大能量最小化的步数依旧无法解决。因此在运行NAMD动力学模拟前我还是习惯先缩盒子。 我的问题在于：我的体系大约2万多个原子，受限于个人计算器配备的问题，每跑一次Amorphous Cell Tool 都要花上数个小时，要缩到我想要的密度所耗费的时间实在太长。 因此我目前想试着用 Packmol 取代Material Studio来缩盒子，不过并不是很顺利(有可能是我的方法不对)，想请问各位虫友我这个想法究竟可不可行?非常感谢  |
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gn02530640
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首先非常感谢您的回复。 想向你请教一下几个问题，缩盒子为什么会是错误的呢? 又，我是看了这篇 http://muchong.com/html/201107/3351593.html 才想试着用PackMol搭建盒子的，请问有什么不妥的吗? 最后，你说的「用namd平衡模拟缩盒子」是指逐步缩小cellBasisVector1， cellBasisVector2，cellBasisVector3 的意思吗? |
3楼2014-12-30 23:22:22
fhh2626
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4楼2014-12-31 10:58:24
gn02530640
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5楼2014-12-31 12:01:23
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