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shucanwei

木虫 (正式写手)

[求助] 江湖救急!!!请问 unplaced genomic scaffold是什么意思??已有1人参与

请问 unplaced genomic scaffold是什么意思?谢谢。
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唯以一人治天下,不以天下奉一人。
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shucanwei

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 想飞的fish at 2014-12-30 11:47:49
找不到定位的scaffold, 而基因中的scaffold序列是  可以拼接的片段经过重叠拼接后形成contigs,若干的contigs根据另外的酶切信息或其他可以作为“路标”的标记信息而拼接,可以形成各个contig在染色体上的线性排列 ...

谢谢回复。
金币请笑纳。
我想请问一下,我获得一些EST(转录组分析得到的)序列,通过blastn比对我做的物种的基因组,发现匹配上的就是unplaced genomic scaffold 12,unplaced genomic scaffold 124,。。。
请问这样算是能比对上该物种全基因组吗?
唯以一人治天下,不以天下奉一人。
3楼2014-12-30 13:22:20
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想飞的fish

新虫 (小有名气)


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
shucanwei(myprayer代发): 金币+3, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-12-30 12:10:19
shucanwei: 金币+7, ★★★很有帮助 2014-12-30 13:19:23
找不到定位的scaffold, 而基因中的scaffold序列是  可以拼接的片段经过重叠拼接后形成contigs,若干的contigs根据另外的酶切信息或其他可以作为“路标”的标记信息而拼接,可以形成各个contig在染色体上的线性排列或是相对位置关系,这样的排列就形成了scaffold. 换言之,scaffold是众多的contig拼接结果
2楼2014-12-30 11:47:49
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想飞的fish

新虫 (小有名气)


引用回帖:
3楼: Originally posted by shucanwei at 2014-12-30 13:22:20
谢谢回复。
金币请笑纳。
我想请问一下,我获得一些EST(转录组分析得到的)序列,通过blastn比对我做的物种的基因组,发现匹配上的就是unplaced genomic scaffold 12,unplaced genomic scaffold 124,。。。
...

也算比对上

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

4楼2014-12-30 13:27:33
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shucanwei

木虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by 想飞的fish at 2014-12-30 13:27:33
也算比对上...

谢谢指点。

可以再问一下吗?
我用blastx对Nr数据库进行检索,查找这些EST的功能注释,除了该物种外,还匹配到其它物种上了,这正常吗?

新手,请多指教。
送你一朵小红花。
唯以一人治天下,不以天下奉一人。
5楼2014-12-30 13:43:04
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