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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 江湖救急！！！请问 unplaced genomic scaffold是什么意思？？
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shucanwei

木虫 (正式写手)

[求助] 江湖救急！！！请问 unplaced genomic scaffold是什么意思？？ 已有1人参与

请问 unplaced genomic scaffold是什么意思?谢谢。
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唯以一人治天下，不以天下奉一人。
1楼 2014-12-30 10:32:52
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想飞的fish

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
shucanwei(myprayer代发): 金币+3, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-12-30 12:10:19
shucanwei: 金币+7, ★★★很有帮助 2014-12-30 13:19:23
找不到定位的scaffold， 而基因中的scaffold序列是  可以拼接的片段经过重叠拼接后形成contigs，若干的contigs根据另外的酶切信息或其他可以作为“路标”的标记信息而拼接，可以形成各个contig在染色体上的线性排列或是相对位置关系，这样的排列就形成了scaffold. 换言之，scaffold是众多的contig拼接结果
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2楼2014-12-30 11:47:49
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shucanwei

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 想飞的fish at 2014-12-30 11:47:49
找不到定位的scaffold， 而基因中的scaffold序列是  可以拼接的片段经过重叠拼接后形成contigs，若干的contigs根据另外的酶切信息或其他可以作为“路标”的标记信息而拼接，可以形成各个contig在染色体上的线性排列 ...

谢谢回复。
金币请笑纳。
我想请问一下，我获得一些EST（转录组分析得到的）序列，通过blastn比对我做的物种的基因组，发现匹配上的就是unplaced genomic scaffold 12，unplaced genomic scaffold 124，。。。
请问这样算是能比对上该物种全基因组吗？
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唯以一人治天下，不以天下奉一人。
3楼2014-12-30 13:22:20
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想飞的fish

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by shucanwei at 2014-12-30 13:22:20
谢谢回复。
金币请笑纳。
我想请问一下，我获得一些EST（转录组分析得到的）序列，通过blastn比对我做的物种的基因组，发现匹配上的就是unplaced genomic scaffold 12，unplaced genomic scaffold 124，。。。
...

也算比对上
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

shucanwei
4楼2014-12-30 13:27:33
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shucanwei

木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by 想飞的fish at 2014-12-30 13:27:33
也算比对上...

谢谢指点。

可以再问一下吗？
我用blastx对Nr数据库进行检索，查找这些EST的功能注释，除了该物种外，还匹配到其它物种上了，这正常吗？

新手，请多指教。
送你一朵小红花。
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唯以一人治天下，不以天下奉一人。
5楼2014-12-30 13:43:04
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