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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 求教DNA二级结构预测方法及软件？
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bioartist

木虫 (正式写手)

无菌草莓

[交流] 求教DNA二级结构预测方法及软件？

请问，有谁熟悉DNA的高级结构分析，如GC rich，发卡结构，回文结构，重复序列等，这方面的软件有哪些？
    不吝赐教！
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1楼 2008-05-27 23:22:38
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bioartist

木虫 (正式写手)

无菌草莓
引用回帖:
Originally posted by xujian568 at 2008-5-28 16:13:
GENERUNNER,似乎RNA STRUCTION 也可以

谢谢，但是这个预测的序列好像很短啊


Error - Sequence is too long
Your sequence is longer than the Jpred limit of 800 residues. You may consider splitting your sequence into separate domains for better accuracy.
赞一下 回复此楼
7楼2008-05-31 11:06:43
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xujian568

至尊木虫 (著名写手)

Count XU
★ ★
bioartist(金币+2,VIP+0):谢谢指导！
GENERUNNER,似乎RNA STRUCTION 也可以
赞一下(4人) 回复此楼
活着就要让人感受到你的存在。
2楼2008-05-28 16:13:03
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7961243

金虫 (正式写手)
http://www.compbio.dundee.ac.uk/~www-jpred/
预测二级结构的。
赞一下 回复此楼
3楼2008-05-28 16:23:29
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)

我爱打老虎

文献杰出贡献
在网上下载一个DOTlet软件，自己把序列添加进取后，做个自身比对。然后看图就能识别出重复序列、发卡结构、回文结构。
赞一下 回复此楼
The world is a fine place and worth fighting for. I agree with the second part.
4楼2008-05-28 17:42:43
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