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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » （急啊！）请教进化树的构建问题
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红魔

金虫 (小有名气)

[交流] （急啊！）请教进化树的构建问题

若每个物种只有一个序列，我会构建物种间的进化树，但是若每个物种有多个序列（或者有的物种有多个序列而有的物种只有一个序列的情况），又怎么构建物种间的进化树？

[ Last edited by 红魔 on 2008-5-29 at 09:34 ]
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1楼 2008-05-27 19:31:11
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genomelin

银虫 (小有名气)
不太清楚你具体要做什么的，一般说来要是你不用rRNA建树的话，单个基因来做树是不太准确的，如果你能在相近物种中找到一些orthologs gene的话，可以参考Broad phylogenomic sampling improves resolution of the animal tree of life的supplementary P.25 处理你的数据
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2楼2008-06-01 01:52:33
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)

我爱打老虎

文献杰出贡献
明白你的意思了,你按照下列步骤做：
将你的物种基因拿来在genbank中比对，分别作发育树；
等你选取的基因都做完时，用你建的几个发育树做对比，选择都包含这几个目的基因的物种作为种子，来建物种树。
建议：若是不同寻常的基因，可以做psi blast
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The world is a fine place and worth fighting for. I agree with the second part.
3楼2008-06-01 09:57:15
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