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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 如何比较同源性?
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准博士

金虫 (正式写手)

[交流] 如何比较同源性?

我现在在NCBI上下载了7个同种蛋白不同菌的基因,我想找到他们之间的同源关系,用什么软件,怎么用?貌似直接在NCBI的BLAST不可以吧?
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1楼 2008-05-27 16:09:14
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romeco

★ ★
xyklmu(金币+2,VIP+0):感谢答复
我经常用DNAstar的MegAlign 比较,好像DNAMAN也可以,
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2楼2008-05-27 16:58:23
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)

我爱打老虎

文献杰出贡献
★
准博士(金币+1,VIP+0):谢谢
呵呵，用clustalX  或者  BioEdit 吧  。在生物软件网上下载下，序列比对一下就行了。
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The world is a fine place and worth fighting for. I agree with the second part.
3楼2008-05-27 17:16:46
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boshi_1981

铁虫 (小有名气)
★ ★
xyklmu(金币+2,VIP+0):感谢答复
用clustalX  比较直观！
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没有远方
4楼2008-05-27 20:11:53
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akvact

木虫 (著名写手)
★
准博士(金币+1,VIP+0):xiexie
使用bioedit和mega（http://www.bbioo.com/Soft/2007/459.htm）软件，做同源性比较。不过身边没人做过的话，要花些时间看教程。
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讲实话和说谎一样简单，所以说实话——实验下代价如何！haha
5楼2008-05-28 10:06:46
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准博士

金虫 (正式写手)
用 clustal x 比较了,但是如何知道同源性大概百分之多少啊?
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6楼2008-05-28 15:00:16
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yhs210

木虫 (著名写手)
★ ★
xyklmu(金币+2,VIP+0):感谢答复
如果序列差异性较大，建议用muscle3.6_win32软件使匹配更加准确！！
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7楼2008-05-30 22:21:00
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xiaricha

银虫 (小有名气)
★ ★
xyklmu(金币+2,VIP+0):感谢答复
我一直用DNAMEN
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8楼2008-06-09 21:26:36
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long76

新虫 (初入文坛)
★
xyklmu(金币+1,VIP+0):感谢答复
DNAMEN
很好，直接出同源性
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9楼2008-07-03 15:15:57
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佳逸轩居士

金虫 (小有名气)
是  DNAMAN　
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10楼2008-07-04 14:35:20
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