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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】计算径向分布函数的几个问题
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abc6394490

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】计算径向分布函数的几个问题

1、 在建立晶体结构模型的时候，用了占有率来解决相同坐标位置上的冲突问题，但在计算双体分布函数时，不能分离那些设置了占有率的原子
引用回帖:
例如MgCl-LiCl2体系中Mg和一部分Li的坐标位置相同，而建模的时候设置该位置上的Mg和Li各占50%，模型中该位置上显示的是Li，但在属性中可以看到Mg和Li各占50%，计算双体分布函数时要选择体系中的不同元素，当选择Li时，他会把Mg和Li各占50%的部分也选上，选择Mg时则不能选择任何原子，这个怎么解决？

2、 建立晶体结构模型后整个体系的总原子数与超胞中应该有的数量并不一致，但在Properties的Symmetry System中查看体系确实是自己想要的结构，不知道多出的是不是那些边界条件上的原子，模拟过程中这些原子也确实是必要的，但同样是在计算双体分布函数时，利用Edit->Atom Selection这些原子会被选上，对结果应该是有影响的吧？能不能去除？如果能，如何去除？

3、 Forcite模块能不能分析键角分布，Angle distribution这个是不是？相关设置在帮助文档里写的好像不是很明确，而且不知道怎么选择体系，每次计算的时候都会出错

4、 做熔盐的分子动力学模拟不知道还可以利用MS计算哪些性质

[ Last edited by abc6394490 on 2008-5-29 at 14:00 ]
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1楼 2008-05-27 11:45:45
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abc6394490

铜虫 (小有名气)
大家帮忙啊

这些天就想这些问题了，等着写论文呢
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2楼2008-05-27 17:48:01
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jayeeliu

大家怎么都不帮忙啊？

着急啊
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3楼2008-05-28 20:53:13
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saitou

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 哈哈
abc6394490(金币+2,VIP+0):谢谢
No.1 你试试看用力场进行选择是不是可以（我蒙的）

No.2 这如果计算成功，只能找创腾的MS工程师来问问清楚了，软件设计和理论算法还是不一样的

No.3 把你要求解的角先用measure工具标记出来，然后选择这些角度的数字--建立set，对set再进行analyse就可以了

No.4 这个没见过，你再问问高人看
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4楼2008-05-29 00:45:20
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abc6394490

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by saitou at 2008-5-29 00:45:

No.2 这如果计算成功，只能找创腾的MS工程师来问问清楚了，软件设计和理论算法还是不一样的


这个其实很容易看到，就拿MS中自带的晶体结构，如氯化镁，你打开后就会开到其晶胞中不只一个镁，如果按个位置去算应该是对的，但用MS计算径向分布函数时选择原子体系就会出现问题

假如体系中应该有10个，但选择上的原子可能会是13个，计算径向分布函数有错误，和实验值差距很大，但数量正好的原子，就是选择的和体系中该有一样径向分布函数很准确，不明白为什么

望高手解答
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5楼2008-06-03 13:42:56
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saitou

木虫 (正式写手)
★ ★
abc6394490(金币+2,VIP+0):谢谢
想起来了：好像计算前去掉boundry condition，就是unbuild 掉晶体，将其变成非周期体系，再计算就不会有超出体系应有原子数的东东出现了。如果计算的部分靠近边界（<12埃？），重复几个cell，把计算部分置中即可
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不抛弃，不放弃
6楼2008-06-03 23:58:46
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abc6394490

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by saitou at 2008-6-3 23:58:
想起来了：好像计算前去掉boundry condition，就是unbuild 掉晶体，将其变成非周期体系，再计算就不会有超出体系应有原子数的东东出现了。如果计算的部分靠近边界（<12埃？），重复几个cell，把计算部分置中即可

我试一下，这样应该是不行的，unbuild后，再进行优化晶体结构得到的新结构变化太大了，没有晶格参数的限制了
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7楼2008-06-04 13:04:32
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saitou

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢
算我没说清楚：unbuild以后别再优化了，加边界优化好就该计算了。计算前去了边界再优化一次可不是要变化嘛。你不就是为了求分布函数吗，那是对当下结构有效的，即你计算完成后一个个取样的结构，哪能再优化呢。取样后原子位置都固定了，只要这个不变，分布就一定了，所以才需要把所选分子周围的空间填满（12埃以内）——用重复单元构建。

我说的“计算”是指计算分布函数，不是从优化开始的整个过程
不知这次说清楚没

[ Last edited by saitou on 2008-6-5 at 00:34 ]
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8楼2008-06-05 00:27:24
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abc6394490

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by saitou at 2008-6-5 00:27:
算我没说清楚：unbuild以后别再优化了，加边界优化好就该计算了。计算前去了边界再优化一次可不是要变化嘛。你不就是为了求分布函数吗，那是对当下结构有效的，即你计算完成后一个个取样的结构，哪能再优化呢。取 ...

呵呵

再去试下，应该是我没看懂
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9楼2008-06-06 17:58:30
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lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
其实就是在分析的时候只针对你算的块体 但是要应用周期边界 防止边界原子配位缺失造成RDF变形
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10楼2008-06-10 09:14:03
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