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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps如何优化晶胞参数？
汕头大学海洋科学接受调剂
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liwl926

金虫 (正式写手)

[求助] lammps如何优化晶胞参数？ 已有2人参与

请教一下lammps可以用来优化晶胞参数么？在minimize命令下，晶胞体积一般不发生变化，minimize命令还需要什么样的参数或命令才能使优化过程中晶胞参数也向更合理的方向发生变化？求大侠指点！
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1楼 2014-12-17 10:02:47
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与，应助指数 +1
liwl926: 金币+100, ★★★★★最佳答案 2014-12-18 10:48:34
引用回帖:
3楼: Originally posted by liwl926 at 2014-12-17 15:50:47
非常感谢，可是得到的结构属于统计上有意义的吧，不能直接拿到唯一构型用作后续计算。...

如果是单一结构，如晶体，这个得到的晶格参数没有问题。如果是无序结构，如非晶，液态结构等，这是统计上的结果
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4楼2014-12-17 16:05:55
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普通回帖

z654023015

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
liwl926(abinitio代发): 金币+2, 鼓励交流. 正解 2014-12-17 15:50:28
liwl926: 金币+46, ★有帮助 2014-12-17 15:51:16
你可以用npt弛豫，这个时候晶格是可以变动的。
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liwl926
2楼2014-12-17 15:46:14
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liwl926

金虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by z654023015 at 2014-12-17 15:46:14
你可以用npt弛豫，这个时候晶格是可以变动的。

非常感谢，可是得到的结构属于统计上有意义的吧，不能直接拿到唯一构型用作后续计算。
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3楼2014-12-17 15:50:47
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liwl926

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by abinitio at 2014-12-17 16:05:55
如果是单一结构，如晶体，这个得到的晶格参数没有问题。如果是无序结构，如非晶，液态结构等，这是统计上的结果...

我的结构是晶体，能给个文献么？用npt优化得到最优结构。非常感谢！初学者谢谢指点迷津！
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abinitio
5楼2014-12-18 10:50:28
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abinitio

版主 (著名写手)
送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by liwl926 at 2014-12-18 10:50:28
我的结构是晶体，能给个文献么？用npt优化得到最优结构。非常感谢！初学者谢谢指点迷津！...

遇到土豪了，没提供点信息，对不起100个金币。

用lammps优化来确定晶格参数，有一个非常经典的例子，在百度文库，供参考。
lammps实例(3)_百度文库
http://wenku.baidu.com/link?url= ... eXUwraMkIqLcuFvnoiq
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6楼2014-12-18 11:01:43
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liwl926

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by abinitio at 2014-12-18 11:01:43
遇到土豪了，没提供点信息，对不起100个金币。

用lammps优化来确定晶格参数，有一个非常经典的例子，在百度文库，供参考。
lammps实例(3)_百度文库
http://wenku.baidu.com/link?url=O6vFsw1YHlMYH_vjG ...

variable   x index 5.4305 5.4306 5.4307 5.4308 5.4309 5.4310 5.4311 5.4312 5.4313
这个例子我倒是看过，但是他的晶胞优化是在不同的x下变化，然后得到一系列的能量值，最低的值对应最优晶胞。
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7楼2014-12-18 11:31:46
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liwl926

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by abinitio at 2014-12-18 11:01:43
遇到土豪了，没提供点信息，对不起100个金币。

用lammps优化来确定晶格参数，有一个非常经典的例子，在百度文库，供参考。
lammps实例(3)_百度文库
http://wenku.baidu.com/link?url=O6vFsw1YHlMYH_vjG ...

我的体系是自己用MS搭建的，已知P4对称性a=b 三个角均为90°，我想可不可以这样去优化：类似这个例子，将a和c在一定范围内扫描找到能量最低点，即最优构型。
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8楼2014-12-18 14:28:13
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abinitio

版主 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by liwl926 at 2014-12-18 14:28:13
我的体系是自己用MS搭建的，已知P4对称性a=b 三个角均为90°，我想可不可以这样去优化：类似这个例子，将a和c在一定范围内扫描找到能量最低点，即最优构型。...

这样呀，这应该是对势函数要求很高吧。和第一性原理不同，分子动力学需要使用势函数来驱动，而势函数是从一种经验的模型上拟合出来的，因此，按动力学的方法来进行优化，得到的肯定是势函数所最低的结构。
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9楼2014-12-18 20:21:09
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abinitio

版主 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by liwl926 at 2014-12-18 14:28:13
我的体系是自己用MS搭建的，已知P4对称性a=b 三个角均为90°，我想可不可以这样去优化：类似这个例子，将a和c在一定范围内扫描找到能量最低点，即最优构型。...

需要温度？为什么不在ms下直接优化呢？
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10楼2014-12-18 20:24:57
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